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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgctctttttaatttgttttttacataatagtagtagttgttcttttgatacgcatttatcaaatcatgggttttaagcctgtgggtcttaattccgaatcattttgaagtttgaactataattcctttttgaaagtagctaatcatgttgtattgtatggcatcaaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCATGAGCTTGAGGATGACCTTGGAAAGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G08650.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G08650.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G106928_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
gtgctctttttaatttgttttttacataatagtagtagttgttcttttgatacgcatttatcaaatcatgggttttaagcctgtgggtcttaattccgaatcattttgaagtttgaactata-attcctttttgaaagtagctaatcatgttgtattgtatggcatcaaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCATGAGCTTGAGGATGACCTTGGAAAGG
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----------------------------------------------------------------------------------------gtaaattatgaaatatcat-acttttatactatatagtccatggccaattcagcttggtaatttttgtgattc--cttggtatgatcagATTCCTTTGACTGGCCCAAATTCAGTTGTTGGGAGAGCATTTGTGGTTCATGAGCTTGAAGATGATTTGGGGAAAG

upper sequence: GLYMA12G08650.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv06s0061g00750.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
gtgctctttttaatttgttttttacataatagtagtagttgttcttttgatacgcatttatcaaatcatgggttttaagcctgtgggtcttaattccgaatcattttgaagtttgaactataattcctttttgaaagtagctaatcatgttgtattgtatggcatcaaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCATGAGCTTGAGGATGACCTTGGAAAGG
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----------------gtatttctggaaa----atcggatttccattttatttttttgggacaattta---attttccatgtgctagcatggtttctgagttatttaggactt-----tttcattcttgatttgtaatctttatttac-tcaaatttcaa---atgaaatgtgtagATACCATTAAGTGGACCTAATGCAGTGATTGGAAGAGCCTTGGTGGTTCATGAACTTGAGGATGACCTTGGGAAGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208330419|gb|GE129368.1|GE129368
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
EST: gi|208269092|gb|GE068631.1|GE068631
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|208310179|gb|GE109851.1|GE109851
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGG
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGG
EST: gi|193344221|gb|FK313633.1|FK313633
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|208202079|gb|GD998710.1|GD998710
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|208182080|gb|GD979435.1|GD979435
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|207749840|gb|GD718164.1|GD718164
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|207776022|gb|GD749889.1|GD749889
EST:     GG-TTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
EST: gi|193543226|gb|FK502923.1|FK502923
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
EST: gi|208330829|gb|GE132662.1|GE132662
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|193305426|gb|FK271357.1|FK271357
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGT
EST: gi|193498141|gb|FK459133.1|FK459133
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCT
EST: gi|209704474|gb|BW678417.1|BW678417
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAG
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAG
EST: gi|208075037|gb|GD875534.1|GD875534
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
EST: gi|208162480|gb|GD962287.1|GD962287
EST:     GGGTTNCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGG
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGG
EST: gi|207750544|gb|GD724385.1|GD724385
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
EST: gi|209704475|gb|BW678418.1|BW678418
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|208180942|gb|GD977139.1|GD977139
EST:     AGGGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: AGGGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|193526319|gb|FK480709.1|FK480709
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|193395174|gb|FK358633.1|FK358633
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATCGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|207751047|gb|GD723054.1|GD723054
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         GTACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
EST: gi|207757140|gb|GD730098.1|GD730098
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
EST: gi|193565518|gb|FK526835.1|FK526835
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|207774669|gb|GD748033.1|GD748033
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCCAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
EST: gi|193328897|gb|FK295141.1|FK295141
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|193632143|gb|FK581461.1|FK581461
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|207760759|gb|GD734082.1|GD734082
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
EST: gi|193621306|gb|FK572278.1|FK572278
EST:     GGGTTGGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTT-GCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|298176316|gb|HO023017.1|HO023017
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAG
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAG
EST: gi|207781040|gb|GD753647.1|GD753647
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|193529308|gb|FK485227.1|FK485227
EST:     TTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: TTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|193618477|gb|FK566665.1|FK566665
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|193343451|gb|FK308201.1|FK308201
EST:     GG-TTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGG
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGG
EST: gi|17022579|gb|BM093613.1|BM093613
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|208298679|gb|GE094160.1|GE094160
EST:     GGGTTGTCTAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTTG-C-AGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|208166808|gb|GD960400.1|GD960400
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|208175342|gb|GD976415.1|GD976415
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
EST: gi|208276569|gb|GE074779.1|GE074779
EST:     GCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|193661086|gb|FK607430.1|FK607430
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
EST: gi|298199533|gb|HO042896.1|HO042896
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAG
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAG
EST: gi|193330940|gb|FK297216.1|FK297216
EST:     GGGTTNCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
EST: gi|208105546|gb|GD904641.1|GD904641
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAA
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAA
EST: gi|193622766|gb|FK571512.1|FK571512
EST:     CAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: CAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|207820156|gb|GD790020.1|GD790020
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGGTGGAAGAGCCTTGGTGGTCTAT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|207762100|gb|GD734235.1|GD734235
EST:     TGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: TGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|193707651|gb|FK642799.1|FK642799
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
EST: gi|193524212|gb|FK480515.1|FK480515
EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATGCCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCA
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EST: gi|208198477|gb|GD995526.1|GD995526
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EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGG
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genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAG
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EST:     GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG                         ATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT
genomic: GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGgtgctctttt ... aaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aattcctttttgaaagtagctaatcatgttgtattgtatggcatcaaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCATGAGCTTGAGGATGACCTTGGAAAGG
                 agctaat  putative branch site (score: 3)
      tttttgaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgctctttttaatttgttttttacataatagtagtagttgttcttttgatacgcatttatcaaatcatgggttttaagcctgtgggtcttaattccgaatcattttgaagtttgaactataattcctttttgaaagtagctaatcatgttgtattgtatggcatcaaacatgcagATACCACTCTCTGGCCCTAATTCAGTAGTTGGAAGAGCCTTGGTGGTCCATGAGCTTGAGGATGACCTTGGAAAGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG