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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgccagaccttaatttcaatttttgcttcttttttttcttttcttgccgtggttcggttcaatagagtaagttacaagggtttgtttcttgaatgactttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G08650.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208330419|gb|GE129368.1|GE129368
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|208269092|gb|GE068631.1|GE068631
EST:     CCTACATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CCTACATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|208310179|gb|GE109851.1|GE109851
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCGCATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|207776022|gb|GD749889.1|GD749889
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|193543226|gb|FK502923.1|FK502923
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|193498141|gb|FK459133.1|FK459133
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|209704474|gb|BW678417.1|BW678417
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|208075037|gb|GD875534.1|GD875534
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|208162480|gb|GD962287.1|GD962287
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|207750544|gb|GD724385.1|GD724385
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAAT-GGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCCTAGGATGAAG
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EST: gi|193526319|gb|FK480709.1|FK480709
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
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EST: gi|193395174|gb|FK358633.1|FK358633
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAA
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACA-TTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAA
EST: gi|207751047|gb|GD723054.1|GD723054
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|207757140|gb|GD730098.1|GD730098
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
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EST: gi|207774669|gb|GD748033.1|GD748033
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
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EST: gi|193370747|gb|FK334145.1|FK334145
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|298186237|gb|HO036870.1|HO036870
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAGTGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAGCTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|207760759|gb|GD734082.1|GD734082
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|298176316|gb|HO023017.1|HO023017
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|207781040|gb|GD753647.1|GD753647
EST:     TGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: TGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|193343451|gb|FK308201.1|FK308201
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|17022579|gb|BM093613.1|BM093613
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|208298679|gb|GE094160.1|GE094160
EST:     TATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: TATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|208175342|gb|GD976415.1|GD976415
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|193661086|gb|FK607430.1|FK607430
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACAAGGTGCTCCTGAGGATGAAG
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EST: gi|208157958|gb|GD952503.1|GD952503
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCCT-AGGATGAA
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCC-TGAGGATGAA
EST: gi|298199533|gb|HO042896.1|HO042896
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTACTGAGGATGAAG
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EST: gi|193330940|gb|FK297216.1|FK297216
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
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EST: gi|208105546|gb|GD904641.1|GD904641
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EST: gi|193524212|gb|FK480515.1|FK480515
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EST: gi|208247693|gb|GE045277.1|GE045277
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
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EST: gi|208319029|gb|GE112042.1|GE112042
EST:     CTACATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CTACATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|208341891|gb|GE135513.1|GE135513
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|207775534|gb|GD749835.1|GD749835
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAGCTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|193416901|gb|FK383713.1|FK383713
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
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EST: gi|193306171|gb|FK272340.1|FK272340
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
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EST: gi|193593706|gb|FK547582.1|FK547582
EST:     TGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: TGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|193590862|gb|FK548207.1|FK548207
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|193320177|gb|FK283934.1|FK283934
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|20812682|gb|BQ297160.1|BQ297160
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|193699372|gb|FK639477.1|FK639477
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATCTCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|15338249|gb|BI498905.1|BI498905
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|208194065|gb|GD993830.1|GD993830
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
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EST: gi|193728685|gb|FK667227.1|FK667227
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|208215464|gb|GE011135.1|GE011135
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACAATAGGTAGCTCCTGAGGATG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACA-T-GGT-GCTCCTGAGGATG
EST: gi|193704243|gb|FK645617.1|FK645617
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
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EST: gi|193389214|gb|FK354897.1|FK354897
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|208159242|gb|GD954249.1|GD954249
EST:     CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
genomic: CATGAGTATGGTGATACCACAAATGGGTGTATATCAACAGgtaaggctgc ... tgactttcagGAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
EST: gi|208326100|gb|GE121952.1|GE121952
EST:     CATGAGTATGGTGATACCAC-AATGGGTGTATATCAACAG                         GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAG
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