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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattacttctttcctttctcatttgtcttcctctactatgtacttctttctggatcctggacctgcttatgtatcattttgtcaattgtttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G08650.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208330419|gb|GE129368.1|GE129368
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EST: gi|208269092|gb|GE068631.1|GE068631
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|208310179|gb|GE109851.1|GE109851
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST: gi|193344221|gb|FK313633.1|FK313633
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EST: gi|208182080|gb|GD979435.1|GD979435
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EST: gi|207749840|gb|GD718164.1|GD718164
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EST: gi|193543226|gb|FK502923.1|FK502923
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EST: gi|193395174|gb|FK358633.1|FK358633
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EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTACTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST:     CCGTCATNCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCANAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST: gi|193524212|gb|FK480515.1|FK480515
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|208247693|gb|GE045277.1|GE045277
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGATACCA
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGATACCA
EST: gi|208319029|gb|GE112042.1|GE112042
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|207829158|gb|GD798120.1|GD798120
EST:     AAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: AAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST:     AATGCAGGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATCGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|193306171|gb|FK272340.1|FK272340
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GG-TTGCAGAGGCTACAATCGTGGATAATCAG
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genomic: AAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|193593706|gb|FK547582.1|FK547582
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|193320177|gb|FK283934.1|FK283934
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|208067439|gb|GD865303.1|GD865303
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EST: gi|193382232|gb|FK347585.1|FK347585
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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctttctggatcctggacctgcttatgtatcattttgtcaattgtttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
                      ttatgtatcatttt  TA-rich tract