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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttctttcctttctcatttgtcttcctctactatgtacttctttctggatcctggacctgcttatgtatcattttgtcaattgtttaaacacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G08650.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G08650.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os08g44770.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 4
GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttctttcctttctcatttgtcttcctctactatgtacttcttt----ctggatcctggacctgcttatgtatcattttgtc-----aattgtttaaacacag
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GACCACATTTTAACCCAAACAATTTGACGCACGGTGCACCAGAAGATGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTGTTGCCAATGCTGAAGgtatagccttcatgtaatcac-tacgaatgcatttttgatgtttctctctaaaacaatcttcttggcatacttattttatggtgtgtctgtttaattgttgtcatacag

upper sequence: GLYMA12G08650.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G106928_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttctttccttt-----ctcatttgt--cttcctctactatgtacttctttctggatcctgg-acctgcttatgtatcattttgtcaattgttta-aacacag
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GACCACATTTTAATCCAAACAATCTGACGCACGGTGCACCAGAAGACGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTGTTGCAAATGCTGAGGgtaaggcctgtagcaaccagtagtacacttgtgatattcattagcaaatttcttcttctggattatgacatttttttatggcgtgtttgtttaactggttgtgatacag

upper sequence: GLYMA12G08650.1 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv06s0061g00750.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GAGCACATTTTAATCCTAATAACTTGACACATGGTGCTCCTGAGGATGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttctttcctttctcatttgtcttcctctactatgtacttctttctggatcctggacctgcttatgtatcattttgtcaattgtttaaacacag
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GAGCACATTTCAATCCAAATGGGATGACACATGGTGCTCCTGAAGATGATGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCCAATGCTGAAGgtacaaaatgtttcattcat--tttgctaaattct----tgttatcttttctgtat----gaggcgct-atattttttgttgttcattgt---aatgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208330419|gb|GE129368.1|GE129368
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|208269092|gb|GE068631.1|GE068631
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|208310179|gb|GE109851.1|GE109851
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|193344221|gb|FK313633.1|FK313633
EST:     GACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST: gi|208202079|gb|GD998710.1|GD998710
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|208182080|gb|GD979435.1|GD979435
EST:     TAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|207749840|gb|GD718164.1|GD718164
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST: gi|207776022|gb|GD749889.1|GD749889
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GG-TTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST: gi|193543226|gb|FK502923.1|FK502923
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST: gi|208330829|gb|GE132662.1|GE132662
EST:     TGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|193305426|gb|FK271357.1|FK271357
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST: gi|193498141|gb|FK459133.1|FK459133
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EST: gi|209704474|gb|BW678417.1|BW678417
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EST: gi|208075037|gb|GD875534.1|GD875534
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST: gi|208162480|gb|GD962287.1|GD962287
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTNCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST: gi|207750544|gb|GD724385.1|GD724385
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EST: gi|209704475|gb|BW678418.1|BW678418
EST:     GTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: GTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|193526319|gb|FK480709.1|FK480709
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|193395174|gb|FK358633.1|FK358633
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATCGTGGATAATCAG
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EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST: gi|207757140|gb|GD730098.1|GD730098
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTACTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST: gi|193565518|gb|FK526835.1|FK526835
EST:     CTAATGCANAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|193328897|gb|FK295141.1|FK295141
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGA-G                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|193632143|gb|FK581461.1|FK581461
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST: gi|207760759|gb|GD734082.1|GD734082
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST: gi|193621306|gb|FK572278.1|FK572278
EST:     CCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCANAGG                         GGGTTGGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST: gi|298176316|gb|HO023017.1|HO023017
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genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|207781040|gb|GD753647.1|GD753647
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|193618477|gb|FK566665.1|FK566665
EST:     TAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|193343451|gb|FK308201.1|FK308201
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GG-TTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|17022579|gb|BM093613.1|BM093613
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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EST: gi|208298679|gb|GE094160.1|GE094160
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGTCTAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTG-C-AGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|208166808|gb|GD960400.1|GD960400
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|208175342|gb|GD976415.1|GD976415
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|193661086|gb|FK607430.1|FK607430
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|298199533|gb|HO042896.1|HO042896
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|193330940|gb|FK297216.1|FK297216
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTNCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|208105546|gb|GD904641.1|GD904641
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|207820156|gb|GD790020.1|GD790020
EST:     TGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|193707651|gb|FK642799.1|FK642799
EST:     CCGTCATNCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCANAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: CCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|193524212|gb|FK480515.1|FK480515
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|208247693|gb|GE045277.1|GE045277
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGATACCA
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAGATACCA
EST: gi|208319029|gb|GE112042.1|GE112042
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: TGAAGTCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|207829158|gb|GD798120.1|GD798120
EST:     AAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
genomic: AAACATAGTTGCTAATGCAGAGGgtattacttc ... ttaaacacagGGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
EST: gi|208341891|gb|GE135513.1|GE135513
EST:     TGAAGTCCGTCATGCGGGCGACCTGGGAAACATAGTTGCTAATGCAGAGG                         GGGTTGCAGAGGCTACAATTGTGGATAATCAG
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