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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtatcagttacaacctgtttacttcttgactataatttgtatgtttcttgaaactaagttaacactcattattggcaaatcatatgaaacaagtgatgattgagatcctatctccttaccttcttttattgcttatatctaattgcatctcatattttcagATACGAGTTAAGCATATGTTAAGCCAAGGAGCAATAGAGCAAAGTTCCATGACATCTGGATACAACCGTTCAAATATGATAAATTCAGGAAGGATACTAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G20070.1
intron # 19
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G20070.1 (Glycine max), 3'ss of exon 19
lower sequence: AT1G10930.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 17
gttagtatcagttacaacctgtttacttcttgactataatttgtatgtttcttgaaactaagttaacactcattattggcaaatcatatgaaacaagtgatgattgagatcctatctccttaccttcttttattgcttatatctaattgcatctcatattttcagATACGAGTTAAGCATATGTTAAGCCAAGGAGCAATAGAGCAAAGTTCCATGACATCTGGATACAACCGTTCAAATATGATAAATTCAGGAAGGATACTAG------
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------------------------------------------gtaagtgcatataaaccaacatattgtatttttcttatccgctttg-gtagcctggaacgat-gaagttctttcatctttccgctcttgatcatgtttatgca--tataaaatataatttcagATACGAGTTAAGCATATGATTAGCCAAGGAGGAGTTGACCAAAGCCCCATGGCAACTGGGTATAATCG------TGTAGCAAGTTCAGGGAGGTTACTTGAAACAA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cctatctccttaccttcttttattgcttatatctaattgcatctcatattttcagATACGAGTTAAGCATATGTTAAGCCAAGGAGCAATAGAGCAAAGTTCCATGACATCTGGATACAACCGTTCAAATATGATAAATTCAGGAAGGATACTAG
                                              tattttc  CT-rich tract
                 ttttattgcttatatc  TA-rich tract