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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggagctttggtacccttcaaattcatgcaaatcacatgataatatattgcttaaattttaattgccactgttaattttcccagGGACTTGGTATATTGAAGCAGAAATTCCCAAATACTCCTGTTTTAGCTTTAACAGCTACAGCAACAGCTAGTGTAAAAGAAGATGTAGTGCAAGCACTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G20070.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G20070.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: AT1G10930.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 12
gttggagctttggtacccttcaaattcatgcaaa-tcacat---gataatatattgcttaaattttaattgcca----ctgttaattttcccagGGACTTGGTATATTGAAGCAGAAATTCCCAAATACTCCTGTTTTAGCTTTAACAGCTACAGCAACAGCTAGTGTAAAAGAAGATGTAGTGCAAGCACTTG
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gttaggccatcaaaagcttcatacaacataccctcttactttcgagaaacataattgtccttttttacgtaccaaatttttgtggaatacacagAGTCTTGGTATTCTGAAGCAGAAATTTCCCAACATTCCCGTGTTAGCTTTAACAGCTACAGCAACAGCCAGTGTGAAAGAAGATGTGGTACAAGCCCTTG

upper sequence: GLYMA08G20070.1 (Glycine max), 3'ss of exon 14
lower sequence: Vv12s0035g00400.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gttggagctttggtacccttc--aaattcatgcaaatcacatgataatatattgctta---aattttaattgccactgttaattttcccagGGACTTGGTATATTGAAGCAGAAATTCCCAAATACTCCTGTTTTAGCTTTAACAGCTACAGCAACAGCTAGTGTAAAAGAAGATGTAGTGCAAGCACTTG
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gtgatgactatctcaatcttctggagttcactccatggatgaatttttattttttttgcagagtgttaattgtatattgtaaaatgtccagGGTCTTGGTATCTTGAAACAAAAATTCCCAAATACTCCAGTTTTAGCTTTAACTGCTACTGCAACAGCCAGTGTAAAAGAAGATGTAGTGCAAGCCCTTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaatcacatgataatatattgcttaaattttaattgccactgttaattttcccagGGACTTGGTATATTGAAGCAGAAATTCCCAAATACTCCTGTTTTAGCTTTAACAGCTACAGCAACAGCTAGTGTAAAAGAAGATGTAGTGCAAGCACTTG
                                        tgttaat  putative branch site (score: 3)
                                              ttttccc  CT-rich tract
     acatgataatatattg  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gttggagctttggtacccttcaaattcatgcaaatcacatgataatatattgcttaaattttaattgccactgttaattttcccagGGACTTGGTATATTGAAGCAGAAATTCCCAAATACTCCTGTTTTAGCTTTAACAGCTACAGCAACAGCTAGTGTAAAAGAAGATGTAGTGCAAGCACTTG

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