Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaacacaccaatctatgcaacacggcttgtattactactttttttttaatggaagttgttctctttttctagtcacaaatatctgatgctgattaaactaactgtggaattgcagTTCGTGCTTAGCACAGAAAATGGAGTGAATGGTTTTACACTTGATCCTAGCCTTGGGGAGTTCATATTGACTCACCCAAACATCAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G19430.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208158651|gb|GD956052.1|GD956052
EST:     GGAACCAAATGTTAGCAGCTGGTTACTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACG                         TTCGTGCTTAGCACAGAAAATGGAGTGAATGGTTTTACA
genomic: GGAACCAAATGTTAGCAGCTGGTTACTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACGgtaaaacaca ... ggaattgcagTTCGTGCTTAGCACAGAAAATGGAGTGAATGGTTTTACA
EST: gi|254339115|gb|GR847832.1|GR847832
EST:     GGAACCAAATGTTAGCAGCTGGTTACTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACG                         TTCGTGCTTAGCACAGAAAATGGAGTGAATGGTTTTACACTTGATCCTAGC
genomic: GGAACCAAATGTTAGCAGCTGGTTACTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACGgtaaaacaca ... ggaattgcagTTCGTGCTTAGCACAGAAAATGGAGTGAATGGTTTTACACTTGATCCTAGC
EST: gi|163921427|gb|EH038965.1|EH038965
EST:     GGAACCAAATGTTAGCAGCTGGTTACTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACG                         TTCGTGCTTAGCACAGAAAATGGAGCGAATGGTTTTACACTTGATCCTAGC
genomic: GGAACCAAATGTTAGCAGCTGGTTACTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACGgtaaaacaca ... ggaattgcagTTCGTGCTTAGCACAGAAAATGGAGTGAATGGTTTTACACTTGATCCTAGC
EST: gi|21888792|gb|BQ742005.1|BQ742005
EST:     GGAAGCTCTTGCACG                         TTCGTGCTTAGCACAGAAAATGGAGTGAATGGTTTTACACTTGATCCTAGC
genomic: GGAAGCTCTTGCACGgtaaaacaca ... ggaattgcagTTCGTGCTTAGCACAGAAAATGGAGTGAATGGTTTTACACTTGATCCTAGC
EST: gi|193310611|gb|FK276775.1|FK276775
EST:     GGAACCAAATGTTAGCAGCTGGTTACTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACG                         TTCGTGCTTAGCACAGAAAATGGAGTGAATGGTTTTACACTTGATCCTAGC
genomic: GGAACCAAATGTTAGCAGCTGGTTACTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACGgtaaaacaca ... ggaattgcagTTCGTGCTTAGCACAGAAAATGGAGTGAATGGTTTTACACTTGATCCTAGC
EST: gi|254339114|gb|GR847831.1|GR847831
EST:     GGAACCAAATGTTAGCAGCTGGTTACTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACG                         TTCGTGCTTAGCACAGAAAATGGAGTGAATGGTTTTACACTTGATCCTAGC
genomic: GGAACCAAATGTTAGCAGCTGGTTACTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACGgtaaaacaca ... ggaattgcagTTCGTGCTTAGCACAGAAAATGGAGTGAATGGTTTTACACTTGATCCTAGC
EST: gi|254348633|gb|GR852312.1|GR852312
EST:     GGAACCAAATGTTAGCAGCTGGTTACTGCGTGTATGGAAGCTCTTGCACG                         TTCGTGCTTAGCACAGAAAATGGAGTGAATGGATTTACACTTGATCCTAGC
genomic: GGAACCAAATGTTAGCAGCTGGTTACTGCATGTATGGAAGCTCTTGCACGgtaaaacaca ... ggaattgcagTTCGTGCTTAGCACAGAAAATGGAGTGAATGGTTTTACACTTGATCCTAGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctctttttctagtcacaaatatctgatgctgattaaactaactgtggaattgcagTTCGTGCTTAGCACAGAAAATGGAGTGAATGGTTTTACACTTGATCCTAGCCTTGGGGAGTTCATATTGACTCACCCAAACATCAAG
                                   aactaac  putative branch site (score: 1)
                               attaaactaa  TA-rich tract