1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...tgtttagggaactacgaccgattcttatgagttgttcaaacatatgtatatgcaattatgcatacttaatcttgtttctgaatgtattggcaaattgcagGCTCTTGATTTGATTCCAAAAAAAATACATGAACGATCACCAGTATTCCTTGGCAGCTACGATGACATCGAGCAAATGAAAGAGCTTTATGCTGCATCCA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G19430.1 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATACTTGATGGAGCAAGCAGGAGGTCAGGCTTTCACAGGAAAACAACGG GCTCTTGATTTGATTCCNNNNNNNNTACATGAACGATCACCAGTATTCCTTEST: gi|163921427|gb|EH038965.1|EH038965
genomic: CATACTTGATGGAGCAAGCAGGAGGTCAGGCTTTCACAGGAAAACAACGGgtatgacttt ... caaattgcagGCTCTTGATTTGATTCCAAAAAAAATACATGAACGATCACCAGTATTCCTT
EST: CATACTTGATGGAGCAAGCAGGAGGTCAGGCTTTCACAGGAAAACAACGG GCTCTTGATTTGATTCCNNNNNNNNTACATGAACGATCACCAGTATTCCTTEST: gi|21888792|gb|BQ742005.1|BQ742005
genomic: CATACTTGATGGAGCAAGCAGGAGGTCAGGCTTTCACAGGAAAACAACGGgtatgacttt ... caaattgcagGCTCTTGATTTGATTCCAAAAAAAATACATGAACGATCACCAGTATTCCTT
EST: CATACTTGATGGAGCAAGCAGGAGGTCAGGCTTTCACAGGAAAACAACGG GCTCTTGATTTGATTCCNNNNNNNNTACATGAACGATCACCAGTATTCCTT
genomic: CATACTTGATGGAGCAAGCAGGAGGTCAGGCTTTCACAGGAAAACAACGGgtatgacttt ... caaattgcagGCTCTTGATTTGATTCCAAAAAAAATACATGAACGATCACCAGTATTCCTT
gtatatgcaattatgcatacttaatcttgtttctgaatgtattggcaaattgcagGCTCTTGATTTGATTCCAAAAAAAATACATGAACGATCACCAGTATTCCTTGGCAGCTACGATGACATCGAGCAAATGAAAGAGCTTTATGCTGCATCCA
acttaat putative branch site (score: 4)
atacttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgtttagggaactacgaccgattcttatgagttgttcaaacatatgtatatgcaattatgcatacttaatcttgtttctgaatgtattggcaaattgcagGCTCTTGATTTGATTCCAAAAAAAATACATGAACGATCACCAGTATTCCTTGGCAGCTACGATGACATCGAGCAAATGAAAGAGCTTTATGCTGCATCCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - caaacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatgta