Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatttttctctgaactttgtgtggttcttggctttctttcaaaatgtcttcgttctaactatgatgagtaatgcagTATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTACCCAGCTGATGCAAAGAGTCCAAACGGAAAGCTACG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G19430.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22927213|gb|BU544352.1|BU544352
EST:     AAGTTTCCTCAGGATGGTTCACCACCAAAGTCTCTTAGGTACATAGGAAG                         TATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTA
genomic: AAGTTTCCTCAGGATGGTTCACCACCAAAGTCTCTTAGGTACATAGGAAGgtatttttct ... agtaatgcagTATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTA
EST: gi|254339115|gb|GR847832.1|GR847832
EST:     AAGTTTCCTCAGGATGGTTCACCACCAAAGTCTCTTAGGTACATAGGAAG                         TATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTA
genomic: AAGTTTCCTCAGGATGGTTCACCACCAAAGTCTCTTAGGTACATAGGAAGgtatttttct ... agtaatgcagTATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTA
EST: gi|163921427|gb|EH038965.1|EH038965
EST:     AAGTTTCCTCAGGATGGTTCACCACCAAAGTCTCTTAGGTACATAGGAAG                         TATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTA
genomic: AAGTTTCCTCAGGATGGTTCACCACCAAAGTCTCTTAGGTACATAGGAAGgtatttttct ... agtaatgcagTATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTA
EST: gi|193576952|gb|FK535167.1|FK535167
EST:     AAGTTTCCTCAGGATGGTTCACCACCAAAGTCTCTTAGGTACATAGGAAG                         TATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTA
genomic: AAGTTTCCTCAGGATGGTTCACCACCAAAGTCTCTTAGGTACATAGGAAGgtatttttct ... agtaatgcagTATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTA
EST: gi|208151927|gb|GD945630.1|GD945630
EST:     AAGTTTCCTCAGGATGGTTCACCACCAAAGTCTCTTAGGTACATAGGAAG                         TATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTA
genomic: AAGTTTCCTCAGGATGGTTCACCACCAAAGTCTCTTAGGTACATAGGAAGgtatttttct ... agtaatgcagTATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTA
EST: gi|21888792|gb|BQ742005.1|BQ742005
EST:     AAGTTTCCTCAGGATGGTTCACCACCAAAGTCTCTTAGGTACATAGGAAG                         TATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTA
genomic: AAGTTTCCTCAGGATGGTTCACCACCAAAGTCTCTTAGGTACATAGGAAGgtatttttct ... agtaatgcagTATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTA
EST: gi|208200102|gb|GD996031.1|GD996031
EST:     AAGTTTCCTCAGGATGGTTCACCACCAAAGTCTCTTAGGTACATAGGAAG                         TATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTA
genomic: AAGTTTCCTCAGGATGGTTCACCACCAAAGTCTCTTAGGTACATAGGAAGgtatttttct ... agtaatgcagTATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTA
EST: gi|193333960|gb|FK301348.1|FK301348
EST:     AAGTTTCCTCAGGATGGTTCACCACCAAAGTCTCTTAGGTACATAGGAAG                         TATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTA
genomic: AAGTTTCCTCAGGATGGTTCACCACCAAAGTCTCTTAGGTACATAGGAAGgtatttttct ... agtaatgcagTATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTA
EST: gi|208170359|gb|GD968404.1|GD968404
EST:     AAGTTTCCTCAGGATGGTTCACCACCAAAGTCTCTTAGGTACATAGGAAG                         TATTGGTTTTGCTGATATTCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCA
genomic: AAGTTTCCTCAGGATGGTTCACCACCAAAGTCTCTTAGGTACATAGGAAGgtatttttct ... agtaatgcagTAT-GGTT--GCTGATAT-CCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggttcttggctttctttcaaaatgtcttcgttctaactatgatgagtaatgcagTATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTACCCAGCTGATGCAAAGAGTCCAAACGGAAAGCTACG
                               ttctaac  putative branch site (score: 1)
               tttcaaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatttttctctgaactttgtgtggttcttggctttctttcaaaatgtcttcgttctaactatgatgagtaatgcagTATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTACCCAGCTGATGCAAAGAGTCCAAACGGAAAGCTACG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG