Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTACCCAGCTGATGCAAAGAGTCCAAACGGAAAGCTACGgtacgatgtactttgactttgcttataggaaagccaactctgactcacatggttgcacatgctaacaaaaattaacaagataaagaaaaagcacggttgcacatgctactttccaagtctagaattgttttctgaattatatgacttatttatggaatttcactgtgaaatcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G19430.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22927213|gb|BU544352.1|BU544352
EST:     GGTATCTTCATGTACCCAGCTGATGCAAAGAGTCCAAACGGAAAGCTACG                         GCTTCTCTATGAAGTCTTTCCAATGTCATACTTGATGGAGCAAGCAGGAGG
genomic: GGTATCTTCATGTACCCAGCTGATGCAAAGAGTCCAAACGGAAAGCTACGgtacgatgta ... gtgaaatcagGCTTCTCTATGAAGTCTTTCCAATGTCATACTTGATGGAGCAAGCAGGAGG
EST: gi|254339115|gb|GR847832.1|GR847832
EST:     GGTATCTTCATGTACCCAGCTGATGCAAAGAGTCCAAACGGAAAGCTACG                         GCTTCTCTATGAAGTCTTTCCAATGTCATACTTGATGGAGCACCGCAGGAG
genomic: GGTATCTTCATGTACCCAGCTGATGCAAAGAGTCCAAACGGAAAGCTACGgtacgatgta ... gtgaaatcagGCTTCTCTATGAAGTCTTTCCAATGTCATACTTGATGGAGCAA-GCAGGAG
EST: gi|163921427|gb|EH038965.1|EH038965
EST:     GGTATCTTCATGTACCCAGCTGACGCAAAGAGTCCAAACGGAAAGCTACG                         GCTTCTCTATGAAGTCTTTCCAATGTCATACTTGATGGAGCAAGCAGGAGG
genomic: GGTATCTTCATGTACCCAGCTGATGCAAAGAGTCCAAACGGAAAGCTACGgtacgatgta ... gtgaaatcagGCTTCTCTATGAAGTCTTTCCAATGTCATACTTGATGGAGCAAGCAGGAGG
EST: gi|193576952|gb|FK535167.1|FK535167
EST:     GGTATCTTCATGTACCCAGCTGATGCAAAGAGTCCAAACGGAAAGCTACG                         GCTTCTCTATGAAGTCTTTCCAATGTCATACTTGATGGAGCAAGCAGGAGG
genomic: GGTATCTTCATGTACCCAGCTGATGCAAAGAGTCCAAACGGAAAGCTACGgtacgatgta ... gtgaaatcagGCTTCTCTATGAAGTCTTTCCAATGTCATACTTGATGGAGCAAGCAGGAGG
EST: gi|21888792|gb|BQ742005.1|BQ742005
EST:     GGTATCTTCATGTACCCAGCTGATGCAAAGAGTCCAAACGGAAAGCTACG                         GCTTCTCTATGAAGTCTTTCCAATGTCATACTTGATGGAGCAAGCAGGAGG
genomic: GGTATCTTCATGTACCCAGCTGATGCAAAGAGTCCAAACGGAAAGCTACGgtacgatgta ... gtgaaatcagGCTTCTCTATGAAGTCTTTCCAATGTCATACTTGATGGAGCAAGCAGGAGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TATGGTTGCTGATATCCATCGAACTTTGCTTTATGGTGGTATCTTCATGTACCCAGCTGATGCAAAGAGTCCAAACGGAAAGCTACGgtacgatgtactttgactttgcttataggaaagccaactctgactcacatggttgcacatgctaacaaaaattaacaagataaagaaaaagcacggttgcacatgctactttccaagtctagaattgttttctgaattatatgacttatttatggaatttcactgtgaaatcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG