1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...agataaggtattaattgtgaaagtgcctaagattggaaattataaatgttgaattctagtatgccactttatgttaatattgtaatatatgtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCTTGGCGATATTGTACAGATGTTTTTGACTATCTTACTCTTTCTGCAATTA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA0048S00290.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAG GTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCTEST: gi|193578884|gb|FK536690.1|FK536690
genomic: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAGgtatgtttat ... gtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
EST: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAG GTCTATGGATTTTATGAEST: gi|254340657|gb|GR854385.1|GR854385
genomic: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAGgtatgtttat ... gtttttctagGTCTATGGATTTTATGA
EST: CATGAAAGTAGACAACT-ACGCA- GTCTATGGA-TTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGC-EST: gi|193307179|gb|FK271075.1|FK271075
genomic: CATGAAAGTAGACAACTAACGCAGgtatgtttat ... gtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
EST: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAG GTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
genomic: CTAATATTACCCTTCTACGTGGAAACCATGAAAGTAGACAACTAACGCAGgtatgtttat ... gtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCT
atgttgaattctagtatgccactttatgttaatattgtaatatatgtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCTTGGCGATATTGTACAGATGTTTTTGACTATCTTACTCTTTCTGCAATTA
tgttaat putative branch site (score: 3)
tgtttttct putative PPT
actttatgttaatatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agataaggtattaattgtgaaagtgcctaagattggaaattataaatgttgaattctagtatgccactttatgttaatattgtaatatatgtttttctagGTCTATGGATTTTATGATGAATGCCAGAGGAAGTATGGGAATGCTAATGCTTGGCGATATTGTACAGATGTTTTTGACTATCTTACTCTTTCTGCAATTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG