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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCGACTGTCGCGGACAAGAACTGCTCCAAGATCCACTACATTACGCCCAATATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaagttggggctggcggggggccaaacggtcgtcgaaaacaccgaattccgcttcaagccatcctccctgggcactgacgccgtcgcgcag

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP06519
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10780184|gb|AV636864.1|AV636864
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
EST: gi|16438247|gb|BM003467.1|BM003467
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
EST: gi|22052763|gb|BQ810383.1|BQ810383
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
EST: gi|23367481|gb|BU655299.1|BU655299
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
EST: gi|22055624|gb|BQ811934.1|BQ811934
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
EST: gi|161816214|gb|FC102102.1|FC102102
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGTGTCCGGTCAGCTTGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
EST: gi|22052764|gb|BQ810384.1|BQ810384
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGTTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGCGTCCGGTCAGCTCGCGCTG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTG
EST: gi|15370861|gb|BI530287.1|BI530287
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGTGTTCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
EST: gi|49460700|gb|BP088613.1|BP088613
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
EST: gi|161810403|gb|FC096075.1|FC096075
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGTGTCCGGTCAGCTTGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
EST: gi|16072384|gb|BI874380.1|BI874380
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
EST: gi|10779550|gb|AV636230.1|AV636230
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
EST: gi|22065678|gb|BQ816494.1|BQ816494
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
EST: gi|16437977|gb|BM003197.1|BM003197
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
EST: gi|10780797|gb|AV637477.1|AV637477
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
EST: gi|22061051|gb|BQ814047.1|BQ814047
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGNTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAAT
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGG-TGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAAT
EST: gi|23359024|gb|BU646844.1|BU646844
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
EST: gi|161799775|gb|FC083242.1|FC083242
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGTGTCCGGTCAGCTTGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
EST: gi|22068765|gb|BQ818558.1|BQ818558
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
EST: gi|10128087|gb|BE726663.1|BE726663
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGACGCAATG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
EST: gi|161812642|gb|FC094779.1|FC094779
EST:     TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAG                         ACATGGTGTCCGGTCAGCTTGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG
genomic: TATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaa ... cgtcgcgcagACATGGTGTCCGGTCAGCTCGCGCTGCACCGGTACGCCACCGGGCGCAATG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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TCGACTGTCGCGGACAAGAACTGCTCCAAGATCCACTACATTACGCCCAATATCTATGCGTGCGGTGCCGGGACAGCTGCCGATCTGGAGCATGTAACAGgtgggactaagttggggctggcggggggccaaacggtcgtcgaaaacaccgaattccgcttcaagccatcctccctgggcactgacgccgtcgcgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA