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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccgcagacttgcggtttcagaggatgttgcgcgcttccggagcccctgtcctgaccccgacgatcctcgtcgtgtacag

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP06252
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7545711|gb|AW676199.1|AW676199
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|22073250|gb|BQ822588.1|BQ822588
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|7545667|gb|AW676155.1|AW676155
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAACCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|15369213|gb|BI528639.1|BI528639
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|22067711|gb|BQ817773.1|BQ817773
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCTCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|49459101|gb|BP087014.1|BP087014
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|7545564|gb|AW676052.1|AW676052
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|23364875|gb|BU652695.1|BU652695
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|16438462|gb|BM003682.1|BM003682
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|10772866|gb|AV623689.1|AV623689
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|49458775|gb|BP086688.1|BP086688
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|49459773|gb|BP087686.1|BP087686
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|49464274|gb|BP092187.1|BP092187
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|10781535|gb|AV638215.1|AV638215
EST:     TGTCCGCGCCGGGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|10770858|gb|AV621683.1|AV621683
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|49459524|gb|BP087437.1|BP087437
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|9027637|gb|BE237677.1|BE237677
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|10772159|gb|AV622982.1|AV622982
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|9210145|gb|BE337060.1|BE337060
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|9458751|gb|BE452395.1|BE452395
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|15371520|gb|BI530946.1|BI530946
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|7545600|gb|AW676088.1|AW676088
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|10782575|gb|AV639247.1|AV639247
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
EST: gi|10126528|gb|BE725232.1|BE725232
EST:     TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGC                         GTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC
genomic: TGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccg ... tcgtgtacagGTGCCGTTCTGGTGCGCGCTGAGCCCGAGAGCTCGACCTCGGCTGAGGATC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAAGCgtgagcgccgcagacttgcggtttcagaggatgttgcgcgcttccggagcccctgtcctgaccccgacgatcctcgtcgtgtacag

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