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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTGCACTAAAACACGGTTATCCTTTACACCGAACCTCTGAACAACCCTGCCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagactgctagctcctcgaataggtctttgttgcctgttaagctgaccaaccactgtctttagctcttcggaacaccgtcccgcgcgacttcaggcctgacaggaacctgcatcgctatcactgagatgtgcgctgatgcgcttgcgcttgcacag

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP06252
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7545711|gb|AW676199.1|AW676199
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|22073250|gb|BQ822588.1|BQ822588
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|7545667|gb|AW676155.1|AW676155
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|15369213|gb|BI528639.1|BI528639
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|22067711|gb|BQ817773.1|BQ817773
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|49459101|gb|BP087014.1|BP087014
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|7545564|gb|AW676052.1|AW676052
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|23364875|gb|BU652695.1|BU652695
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|16438462|gb|BM003682.1|BM003682
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|10772866|gb|AV623689.1|AV623689
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|49458775|gb|BP086688.1|BP086688
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|49459773|gb|BP087686.1|BP087686
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|49464274|gb|BP092187.1|BP092187
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|10781535|gb|AV638215.1|AV638215
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGGGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|10770858|gb|AV621683.1|AV621683
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|49459524|gb|BP087437.1|BP087437
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|9027637|gb|BE237677.1|BE237677
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|10772159|gb|AV622982.1|AV622982
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|9210145|gb|BE337060.1|BE337060
EST:     CCAAAAA-GATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGC-A                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|9458751|gb|BE452395.1|BE452395
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|15371520|gb|BI530946.1|BI530946
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|7545600|gb|AW676088.1|AW676088
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|10782575|gb|AV639247.1|AV639247
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
EST: gi|10126528|gb|BE725232.1|BE725232
EST:     CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAA                         GGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA
genomic: CCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagac ... gcttgcacagGGGTGTCCGCGCCGTGGCTCGCTCGGCTGCTCTGCCGGTGCCCGTTAACAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GCTGCACTAAAACACGGTTATCCTTTACACCGAACCTCTGAACAACCCTGCCAAAAATGATGCTGAAGGCCTCTACCGTGACCACTCTGCCCGCGCGCAAgtaagtagactgctagctcctcgaataggtctttgttgcctgttaagctgaccaaccactgtctttagctcttcggaacaccgtcccgcgcgacttcaggcctgacaggaacctgcatcgctatcactgagatgtgcgctgatgcgcttgcgcttgcacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG