Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagctgcttgtggtcacgctatgttatgcgcatgtgtgcaccggtccttaccttgcgcgaccgcgttttgcagGGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCAGGCACCG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDO98394
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|49465682|gb|BP093595.1|BP093595
EST:     GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG                         GGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
genomic: GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCGgtgagctgct ... cgttttgcagGGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
EST: gi|10794443|gb|AV631809.1|AV631809
EST:     GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG                         GGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
genomic: GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCGgtgagctgct ... cgttttgcagGGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
EST: gi|15700353|gb|BI724658.1|BI724658
EST:     GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG                         GGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
genomic: GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCGgtgagctgct ... cgttttgcagGGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
EST: gi|49470498|gb|BP098359.1|BP098359
EST:     GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG                         GGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
genomic: GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCGgtgagctgct ... cgttttgcagGGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
EST: gi|49465529|gb|BP093442.1|BP093442
EST:     GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG                         GGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
genomic: GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCGgtgagctgct ... cgttttgcagGGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
EST: gi|49470394|gb|BP098255.1|BP098255
EST:     GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG                         GGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
genomic: GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCGgtgagctgct ... cgttttgcagGGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
EST: gi|6549792|gb|AV395576.1|AV395576
EST:     GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG                         GGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
genomic: GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCGgtgagctgct ... cgttttgcagGGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
EST: gi|10788299|gb|AV626019.1|AV626019
EST:     GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG                         GGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
genomic: GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCGgtgagctgct ... cgttttgcagGGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
EST: gi|10791160|gb|AV628526.1|AV628526
EST:     GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG                         GGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
genomic: GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCGgtgagctgct ... cgttttgcagGGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
EST: gi|10791280|gb|AV628646.1|AV628646
EST:     GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG                         GGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
genomic: GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCGgtgagctgct ... cgttttgcagGGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
EST: gi|10787805|gb|AV644477.1|AV644477
EST:     GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG                         GGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
genomic: GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCGgtgagctgct ... cgttttgcagGGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
EST: gi|49470989|gb|BP098850.1|BP098850
EST:     GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG                         GGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA
genomic: GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCGgtgagctgct ... cgttttgcagGGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctatgttatgcgcatgtgtgcaccggtccttaccttgcgcgaccgcgttttgcagGGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCAGGCACCG
                          tccttac  putative branch site (score: 2)
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagctgcttgtggtcacgctatgttatgcgcatgtgtgcaccggtccttaccttgcgcgaccgcgttttgcagGGCTCGGGTGGTGCCGCATTTAAGGCACTTGGGGCCGATGGAGCTCCTCCAGGCACCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC