Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcgagtgctagctgaccagcgcattttcggcttccactgcaccggaagggagcctaaaacgctgcatgtcccaccgcagGAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDO98394
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|49465682|gb|BP093595.1|BP093595
EST:     ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAG                         GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
genomic: ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAGgtgcgagtgc ... cccaccgcagGAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
EST: gi|10794443|gb|AV631809.1|AV631809
EST:     ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGTTACGGGGGCACGGAG                         GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
genomic: ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAGgtgcgagtgc ... cccaccgcagGAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
EST: gi|15700353|gb|BI724658.1|BI724658
EST:     ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAG                         GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
genomic: ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAGgtgcgagtgc ... cccaccgcagGAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
EST: gi|49470498|gb|BP098359.1|BP098359
EST:     ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAG                         GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
genomic: ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAGgtgcgagtgc ... cccaccgcagGAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
EST: gi|49465529|gb|BP093442.1|BP093442
EST:     ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAG                         GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
genomic: ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAGgtgcgagtgc ... cccaccgcagGAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
EST: gi|49470394|gb|BP098255.1|BP098255
EST:     ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAG                         GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
genomic: ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAGgtgcgagtgc ... cccaccgcagGAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
EST: gi|6549792|gb|AV395576.1|AV395576
EST:     ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGACGAGCTACGGGGGCACGGAG                         GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
genomic: ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAGgtgcgagtgc ... cccaccgcagGAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
EST: gi|10788299|gb|AV626019.1|AV626019
EST:     ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAG                         GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
genomic: ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAGgtgcgagtgc ... cccaccgcagGAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
EST: gi|10791160|gb|AV628526.1|AV628526
EST:     ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAG                         GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
genomic: ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAGgtgcgagtgc ... cccaccgcagGAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
EST: gi|10791280|gb|AV628646.1|AV628646
EST:     ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAG                         GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
genomic: ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAGgtgcgagtgc ... cccaccgcagGAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
EST: gi|10787805|gb|AV644477.1|AV644477
EST:     ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAG                         GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
genomic: ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAGgtgcgagtgc ... cccaccgcagGAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
EST: gi|49470989|gb|BP098850.1|BP098850
EST:     ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAG                         GAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
genomic: ATACTTATCTTGCTAACAGCCTATAGAAGATGAGCTACGGGGGCACGGAGgtgcgagtgc ... cccaccgcagGAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttcggcttccactgcaccggaagggagcctaaaacgctgcatgtcccaccgcagGAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG
                           gcctaaa  putative branch site (score: 3)
                                            tcccacc  putative PPT
                              taaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgcgagtgctagctgaccagcgcattttcggcttccactgcaccggaagggagcctaaaacgctgcatgtcccaccgcagGAGGATGACCTTTATGGAGGATATGATGAGCAATCGAACCCGCTTGCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT