Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatcctcatcggaatttcttttctggaacaataatatgcttatagtaacatattgtattttatgccagtgctttctttaacatgggttttagGTACTCAGATCTAATCAGTCATGCTGCAGAAGGTGAATACTCAAAAATGGCTCCATTCCGTGTACTAAGTTTCGATATTGAGTGTGCAGGTCGTAAAGGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G63960.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U12 (go to U12 genes for details)

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G63960.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA06G16110.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gtatcctcatcggaatt-tcttttctggaacaataa--tatgcttatagtaacatattgtattttatgccagtgctttctttaacatgggttttagGTACTCAGATCTAATCAGTCATGCTGCAGAAGGTGAATACTCAAAAATGGCTCCATTCCGTGTACTAAGTTTCGATATTGAGTGTGCAGGTCGTAAAGGA
|||||||| |     |  |  | |||| |  |||    | ||   |||  || || ||    ||| |  | || ||  | |||||| | ||| |||||| || ||  |  | ||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||  || | ||||| || ||||||||||| ||||||||||| 
gtatcctctttcatgtgataatatctgtataaatgggctgtgggaataccaaaatctttagattttt--ctgttctccccttaaca-gtgttatagGTATTCCGAATTGGTTAGTCATGCTCCAGAAGGGGAATATTCAAAGATGGCTCCATTTCGCATATTGAGTTTTGACATTGAGTGTGCTGGTCGTAAAGGT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcttatagtaacatattgtattttatgccagtgctttctttaacatgggttttagGTACTCAGATCTAATCAGTCATGCTGCAGAAGGTGAATACTCAAAAATGGCTCCATTCCGTGTACTAAGTTTCGATATTGAGTGTGCAGGTCGTAAAGGA
 ttctttaac  putative branch site 
     tagtaacatattgtat  TA-rich tract