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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactttgtggtcccttgcctatgtattatctgttttcatatatgggatctgtttatcaatattcgcttttaacttcaaccagCAATGGAACACTATGCGCAAGTTGCAAGGGAAGAGAAGCCGAGTTATATTGCAAAAACGTGTCTCAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G63960.2
intron # 27
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G63960.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 27
lower sequence: LOC_Os11g08330.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 27
-----gtactttgtggtcccttgccta-------------tgtattatctgttttcatatatgggatctgtttatcaatattcgctt--ttaacttcaaccag-
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accattcattttgggtacccctatctaagtggtaaaaccttatttcaactgcgttcttgtaaaaaccttatattttaatcactgtattgtcaccctgcagTGGTTCCAATCAAACGCTTTGCTTTCATTGCAAGGGAAGAGAAGCAGAGTTATACTGCAAAACTGTAGGAAACG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164107868|gb|ES104734.1|ES104734
EST:     GTTTGCTAAAAAACTAAACTGAGCTGTGTTGGCTGCAAAGTTCCGATCAG                         CAATGGAACACTATGCGCAAG
genomic: GTTTGCTAAAAAAC--AACTGAGCTGTGTTGGCTGCAAAGTTCCGATCAGgtactttgtg ... cttcaaccagCAATGGAACACTATGCGCAAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atctgttttcatatatgggatctgtttatcaatattcgcttttaacttcaaccagCAATGGAACACTATGCGCAAGTTGCAAGGGAAGAGAAGCCGAGTTATATTGCAAAAACGTGTCTCAAG
                                       ttttaac  putative branch site (score: 2)
                      tgtttatcaatatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtactttgtggtcccttgcctatgtattatctgttttcatatatgggatctgtttatcaatattcgcttttaacttcaaccagCAATGGAACACTATGCGCAAGTTGCAAGGGAAGAGAAGCCGAGTTATATTGCAAAAACGTGTCTCAAG

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