1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtacttgcatgatttgttgttgcatttcttctgttgattatgtgctgttttgacatttcatctggcttatttttaaatttctataattccattgaacatttaaacttcattaacaacttctaatttgcacaatgtcctttgtattgttttcctgataattttctttccacagAAAAAGCTTGAAGAGATGGTGGAATGCGAACTAAATTTTCCAAGTTTTCAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G24940.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGAAATCTTTGT-GACCTCCAAGATTACAAGTACACAAAG AAAAAGCTTGAAGAGATGGTGGAATGCGAACTAAATTTTCCAAGTTTTCAGEST: gi|164041847|gb|ES147159.1|ES147159
genomic: GTGAAATCTTTGTGGACCTCCAAGATTACAAGTACACAAAGgtacttgcat ... ctttccacagAAAAAGCTTGAAGAGATGGTGGAATGCGAACTAAATTTTCCAAGTTTTCAG
EST: ACTCATGTGGTGAAATCTTTGTGGACCTCCAAGATTACAAGTACACAAAG AAGACGCTTGAAGAGATGGTGGAATGCGAACTAAATTTTCCAAGTTTTCAGEST: gi|124944147|gb|EL020279.1|EL020279
genomic: ACTCATGTGGTGAAATCTTTGTGGACCTCCAAGATTACAAGTACACAAAGgtacttgcat ... ctttccacagAAAAAGCTTGAAGAGATGGTGGAATGCGAACTAAATTTTCCAAGTTTTCAG
EST: TCTTTGTGGACCTCCAAGATTACAAGTACACAAAG AAAAAGCTTGAAGAGATGGTGGAATGCGAACTAAATTTTCCAAGTTTTCAGEST: gi|124860793|gb|EH945230.1|EH945230
genomic: TCTTTGTGGACCTCCAAGATTACAAGTACACAAAGgtacttgcat ... ctttccacagAAAAAGCTTGAAGAGATGGTGGAATGCGAACTAAATTTTCCAAGTTTTCAG
EST: ACTCATGTGGTGAAATCTTTGTGGACCTCCAAGATTACAAGTACACAAAG AAAAAGCTTGAAGAGATGGTGGAATGCGAACTAAA
genomic: ACTCATGTGGTGAAATCTTTGTGGACCTCCAAGATTACAAGTACACAAAGgtacttgcat ... ctttccacagAAAAAGCTTGAAGAGATGGTGGAATGCGAACTAAA
ttctaatttgcacaatgtcctttgtattgttttcctgataattttctttccacagAAAAAGCTTGAAGAGATGGTGGAATGCGAACTAAATTTTCCAAGTTTTCAG
ttttctttccac CT-rich tract
tgataattttcttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacttgcatgatttgttgttgcatttcttctgttgattatgtgctgttttgacatttcatctggcttatttttaaatttctataattccattgaacatttaaacttcattaacaacttctaatttgcacaatgtcctttgtattgttttcctgataattttctttccacagAAAAAGCTTGAAGAGATGGTGGAATGCGAACTAAATTTTCCAAGTTTTCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA