Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTTTGAACTGCGGAAACTTCTTCCGATGTCCGTTGCTTATGACTTCAACATCCATgtaagcacttcacttgattgaattaatcctttcgctttttgagacctctaaagcttaattactgatgtgtctgtcatctgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G17050.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124750049|gb|EH840179.1|EH840179
EST:     AACTGCGGAAACTTCTTCCGATGTCCGTTGCTTATGACTTCAACATCCAT                         ACTATGGATTTTCAGCCTGGAGAGTTTCTGAATGT
genomic: AACTGCGGAAACTTCTTCCGATGTCCGTTGCTTATGACTTCAACATCCATgtaagcactt ... tcatctgcagACTATGGATTTTCAGCCTGGAGAGTTTCTGAATGT
EST: gi|164054788|gb|ES112215.1|ES112215
EST:     TCCGATGTCCGTTGCTTATGAC-TCAACATCCAT                         ACTATGGATTTTCAGCCTGGAGAGTTTCTGAATGTTAAGGAAGTTCA
genomic: TCCGATGTCCGTTGCTTATGACTTCAACATCCATgtaagcactt ... tcatctgcagACTATGGATTTTCAGCCTGGAGAGTTTCTGAATGTTAAGGAAGTTCA
EST: gi|124810172|gb|EH895348.1|EH895348
EST:     AACTGCGGAAACTTCTTCCGATGTCCGTTGCTTATGACTTCAACATCCAT                         ACTATGGATTTTCAGCCTGGAGAGTTTCTGAATGTTAAGG
genomic: AACTGCGGAAACTTCTTCCGATGTCCGTTGCTTATGACTTCAACATCCATgtaagcactt ... tcatctgcagACTATGGATTTTCAGCCTGGAGAGTTTCTGAATGTTAAGG
EST: gi|86084005|gb|DR379764.1|DR379764
EST:     AACTGCGGAAACTTCTTCCGATGTCCGTTGCTTATGACTTCAACATCCAT                         ATTATGGATTTTCAGCCTGGAGAGTTTCTGAATGTTAAG
genomic: AACTGCGGAAACTTCTTCCGATGTCCGTTGCTTATGACTTCAACATCCATgtaagcactt ... tcatctgcagACTATGGATTTTCAGCCTGGAGAGTTTCTGAATGTTAAG