Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCTAGGCCAAAAGCTGGTAATGCTGTTATTGGTAATGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAGgtttcttcttcttcttcttttctctttctctctttcctctttgttttctttctagttaaggttggtcttgcattagtgtttaagtgttagttgtctttgt...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G42050.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116433606|gb|EG476198.1|EG476198
EST:     ATGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAG                         TTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGC
genomic: ATGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAGgtttcttctt ... tgatatgcagTTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGC
EST: gi|116433595|gb|EG476187.1|EG476187
EST:     ATGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAG                         TTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGC
genomic: ATGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAGgtttcttctt ... tgatatgcagTTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGC
EST: gi|86031307|gb|DR327060.1|DR327060
EST:     TGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGTNGGA-TGGCTTTGTGCTCAG                         TTGAAGCAAC-TTCTCATCCTAC
genomic: TGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGT-GGAATGGCTTTGTGCTCAGgtttcttctt ... tgatatgcagTTGAAGCAACCTTCTCATCCTAC
EST: gi|125213432|gb|EL228264.1|EL228264
EST:     TTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAG                         TTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGC
genomic: TTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAGgtttcttctt ... tgatatgcagTTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGC
EST: gi|86031304|gb|DR327057.1|DR327057
EST:     ATGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGNNGAATGGCTTTGTGCTCAG                         TTGAAGCA-CCTTCTCATCCTA
genomic: ATGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAGgtttcttctt ... tgatatgcagTTGAAGCAACCTTCTCATCCTA
EST: gi|86031301|gb|DR327054.1|DR327054
EST:     AATGGCTTTGTGCTCAG                         TTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGC
genomic: AATGGCTTTGTGCTCAGgtttcttctt ... tgatatgcagTTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGC
EST: gi|125008139|gb|EL080408.1|EL080408
EST:     ATGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAG                         TTGAAGCAACC
genomic: ATGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAGgtttcttctt ... tgatatgcagTTGAAGCAACC
EST: gi|125111177|gb|EL162767.1|EL162767
EST:     AAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAG                         TTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGC
genomic: AAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAGgtttcttctt ... tgatatgcagTTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGCTAGGCCAAAAGCTGGTAATGCTGTTATTGGTAATGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAGgtttcttcttcttcttcttttctctttctctctttcctctttgttttctttctagttaaggttggtcttgcattagtgtttaagtgttagttgtctttgt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttcttct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctttctct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctttcctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttctttc