1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...ttggtgatctggaaggaacctttaatattgtgacatagtgaatccagaaaagcttttgatgtcctccatcgatatctcaatccttaattttgatatgcagTTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGCCTGTCGTCACTGCTTAAGGAACCTGTTGTCAGATCGTCATTTGTTCAGG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G42050.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAG TTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGCEST: gi|116433595|gb|EG476187.1|EG476187
genomic: ATGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAGgtttcttctt ... tgatatgcagTTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGC
EST: ATGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAG TTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGCEST: gi|86031307|gb|DR327060.1|DR327060
genomic: ATGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAGgtttcttctt ... tgatatgcagTTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGC
EST: TGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGTNGGA-TGGCTTTGTGCTCAG TTGAAGCAAC-TTCTCATCCTACEST: gi|125213432|gb|EL228264.1|EL228264
genomic: TGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGT-GGAATGGCTTTGTGCTCAGgtttcttctt ... tgatatgcagTTGAAGCAACCTTCTCATCCTAC
EST: TTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAG TTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGCEST: gi|86031304|gb|DR327057.1|DR327057
genomic: TTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAGgtttcttctt ... tgatatgcagTTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGC
EST: ATGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGNNGAATGGCTTTGTGCTCAG TTGAAGCA-CCTTCTCATCCTAEST: gi|86031301|gb|DR327054.1|DR327054
genomic: ATGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAGgtttcttctt ... tgatatgcagTTGAAGCAACCTTCTCATCCTA
EST: AATGGCTTTGTGCTCAG TTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGCEST: gi|125008139|gb|EL080408.1|EL080408
genomic: AATGGCTTTGTGCTCAGgtttcttctt ... tgatatgcagTTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGC
EST: ATGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAG TTGAAGCAACCEST: gi|125111177|gb|EL162767.1|EL162767
genomic: ATGGAATTGATGATGTTCTCAAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAGgtttcttctt ... tgatatgcagTTGAAGCAACC
EST: AAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAG TTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGC
genomic: AAGGGGTTGGTGGAATGGCTTTGTGCTCAGgtttcttctt ... tgatatgcagTTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGC
agaaaagcttttgatgtcctccatcgatatctcaatccttaattttgatatgcagTTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGCCTGTCGTCACTGCTTAAGGAACCTGTTGTCAGATCGTCATTTGTTCAGG
ttttgat putative branch site (score: 4)
ttaattttgatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttggtgatctggaaggaacctttaatattgtgacatagtgaatccagaaaagcttttgatgtcctccatcgatatctcaatccttaattttgatatgcagTTGAAGCAACCTTCTCATCCTACTCGTGGTGTTCCAATTGCAATCAGCTGCCTGTCGTCACTGCTTAAGGAACCTGTTGTCAGATCGTCATTTGTTCAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - -gaaggaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cagaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atctcaa