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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGACCTTCCTATTCCTCCCCCAGAAAAAACTTCTGAGGATATCCTTCTTTTCTTTAAACTCTATGACCCTGAGAACGCAGTACTAAGgtaattcttgtacccaccaatttcattttgacatctgttccaacaaaagcactatttctttcttccatttcttatttgccttttttcttattcactgggatttacatctttcatcattgttacactattttgtccatatgttgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G11910.1
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G11910.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 18
lower sequence: Vv08s0032g00600.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 18
GATGACCTTCCTATTCCTCCCCCAGAAAAAACTTCTGAGGATATCCTTCTTTTCTTTAAACTCTATGACCCTGAGAACGCAGTACTAAGgtaattcttgtacccaccaatttcattttgacatctgttccaacaaaagcactatttctttcttccatttcttatttgccttttttcttattcactgggatttacatctttcatcattgttacactattttgtccatatgttgcag
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GATCTGCGTCCTATTCCTCCACCTGAAAAAACTAAAGAAGATATTCTGCTTTTCTTCAAGCTTTATGACCCTGAGAAAGAAGAGCTCCGgtactattaat-----ttattcccttaacactatttactcta-------tgctctttcttcctgctctttgacgtaaatttctcccattttccag---------------------------------------------------