Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gcaattagaggctaacctctctctatatattattgtggttacttgacaatgtgaattatttagtgactggaaaaaacttcatgtcttcttccttgtgtagATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAGGAAATGTTCATCACATCCAAACTATG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G37790.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86041587|gb|DR337342.1|DR337342
EST:     TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAG                         ATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
genomic: TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAGgtaatccaaa ... ccttgtgtagATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
EST: gi|86041590|gb|DR337345.1|DR337345
EST:     TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAG                         ATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
genomic: TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAGgtaatccaaa ... ccttgtgtagATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
EST: gi|86041591|gb|DR337346.1|DR337346
EST:     TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAG                         ATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
genomic: TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAGgtaatccaaa ... ccttgtgtagATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
EST: gi|86041583|gb|DR337338.1|DR337338
EST:     TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAG                         ATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
genomic: TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAGgtaatccaaa ... ccttgtgtagATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
EST: gi|86041584|gb|DR337339.1|DR337339
EST:     TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAG                         ATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
genomic: TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAGgtaatccaaa ... ccttgtgtagATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
EST: gi|86041588|gb|DR337343.1|DR337343
EST:     TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAG                         ATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
genomic: TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAGgtaatccaaa ... ccttgtgtagATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
EST: gi|47828059|gb|CK117743.1|CK117743
EST:     TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAG                         ATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
genomic: TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAGgtaatccaaa ... ccttgtgtagATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
EST: gi|19874496|gb|AU235327.1|AU235327
EST:     TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAG                         ATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
genomic: TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAGgtaatccaaa ... ccttgtgtagATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
EST: gi|86041586|gb|DR337341.1|DR337341
EST:     TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAG                         ATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
genomic: TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAGgtaatccaaa ... ccttgtgtagATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
EST: gi|86041589|gb|DR337344.1|DR337344
EST:     TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAG                         ATTGGGTTASTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
genomic: TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAGgtaatccaaa ... ccttgtgtagATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
EST: gi|86057395|gb|DR353152.1|DR353152
EST:     TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAG                         ATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG
genomic: TTGGTTATCGTCACATTGATTGTGCTCAAATCTATGGCAATGAAAAAGAGgtaatccaaa ... ccttgtgtagATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acaatgtgaattatttagtgactggaaaaaacttcatgtcttcttccttgtgtagATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAGGAAATGTTCATCACATCCAAACTATG
 acttgac  putative branch site (score: 4)
                               cttcatgtcttcttcc  putative PPT
      tgaattattta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gcaattagaggctaacctctctctatatattattgtggttacttgacaatgtgaattatttagtgactggaaaaaacttcatgtcttcttccttgtgtagATTGGGTTAGTCCTGAAGAAATTGTTTGATGGTGGAGTTGTTAAGCGTGAGGAAATGTTCATCACATCCAAACTATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - gctaacc
- - - - - - - - -tctctct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaaaaa