Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTCGCCCACTCGGAGTTGTCGTCAGTCTTCTATGAGAAGGTCCTTCTTATGGCTTGGGGgtaagtaaatgcatctacaatcttttagcctccgtatgcaaatgtcaactaatacgctgtagaaggtgttaataacaatctctatctgaccccaaacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G21410.1
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G21410.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 17
lower sequence: Vv03s0038g00290.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 17
TCTCGCCCACTCGGAGTTGTCGTCAGTCTTCTATGAGAAGGTCCTTCTTATGGCTTGGGGgtaagtaaatgcatct---acaatcttttagcctccgtatgcaaatgtcaactaatacgctgtagaaggtgt--taataacaatctctatctga-ccccaaacag
||| || ||||| ||||| ||    || ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| |||   | |    | | |  || ||      |||||   ||||| |  |||  |  |    ||||  |  ||   |  | |   ||| ||  || || 
TCTTGCTCACTCAGAGTTATCAAGTGTATTCTATGAGAAGGTCCTCCTCCTGGCTTGGGGgtaagttaatattttttatgctaccgctttgctctta-atgca---gtcaaatgctacctttgaacttgtgtgatggtagtgaattattgatgagccttaagca-