Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgtttgatttcatgggaaagaactgtaattttttcgccagtataatggttgcatagataacattatctgaagtcgtatatgtagGGACTCCATGCTCTCTTTACTGGGGAGGATGACACCTGGGAAGCGTGGCTTAATGTTGATCCTTCTGGGTTCTCTGGCATCGTTGGATATACTGGGAATG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G31480.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G31480.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os08g01920.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtatgtgtttgatttcatgggaaagaactgtaattttttcgccagtataatggttgcatagataacattatctgaagtcgtatatgtagGGACTCCATGCTCTCTTTACTGGGGAGGATGACACCTGGGAAGCGTGGCTTAATGTTGATCC---TTCTGGGTTCTCTGGCATCGTTGGATATACTGGGAATG
    || | |||| |  ||    |  |   | | ||  ||   |     |   | ||| |  ||  |  |     | |  | | || |||   | |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||     ||||| |   | ||  | |   ||||| |       | | |  |    
----gtatgtgatatactgttgtaacagcatgacttgctcagaaaagagagaatggca-acttaggacaaggctgaataatctgtgcagGACTTGCATGCTCTTTTTACTGGAGAGGATGATACCTGGGAAGCTTGGCTGGTCTTTGATACTGGTCCTAAGCTAGGTGGCAACAC-AATCAAATTAAGGC--


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttttcgccagtataatggttgcatagataacattatctgaagtcgtatatgtagGGACTCCATGCTCTCTTTACTGGGGAGGATGACACCTGGGAAGCGTGGCTTAATGTTGATCCTTCTGGGTTCTCTGGCATCGTTGGATATACTGGGAATG
                         agataac  putative branch site (score: 3)
                       atagataacattat  TA-rich tract