Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatacttatttatgtaatttcaggattgtgaaaacaagagatccaagaattttttgtttttttcttgtatgttctttacgctgctattgaattgcttgtttacctttccttgcaaagtctctttatatgctctaaaagctgttcaatatgtgttagGTAAGGGAAAAGATTACTGGGAAGAGGAGAATGCTATTGAAGAGATGCCAGCTTGTCGTCGAATGTTCAATATATTTCACCCCTATGATCCTGTTGCATA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G31480.1
intron # 15
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G31480.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 15
lower sequence: GLYMA09G36920.1 (Glycine max), 3'ss of exon 15
gtaatacttatttatgtaatttcaggattgtgaaaacaagagatccaagaattttttgtttttttcttgtatgttctttacgctgctattgaattgcttgtttacctttccttgcaaagtctctttatatgctctaaaagctgttcaatatgtgttagGTAAGGGAAAAGATTACTGGGAAGAGGAGAATGCTATTGAAGAGATGCCAGCTTGTCGTCGAATGTTCAATATATTTCACCCCTATGATCCTGTTGCATA
                                                     | |    || |  ||  | || |    | ||  || | |  | |  ||||   |   | |  | |     |||     || |  |  || |    | ||| | |||||  ||  |||| || |||||  |||| |||   |  || |||||||| |||||||| |  |||||||| || ||||||||||||||||| || |||||
-----------------------------------------------------tatgaacttatgattacaagtgccagtcact--tactaacgt-ccagttt--ttaatcatatacatctagtttgataactatgtattctttattgtttgtttcagGTAGAGGCCAAGAATATTGGGAGCAGGAAAATATAAGAGAGGAGATGCCGGCTTGTCGGCAGATGTTCAACATTTTTCACCCCTATGATCCCGTAGCATA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acctttccttgcaaagtctctttatatgctctaaaagctgttcaatatgtgttagGTAAGGGAAAAGATTACTGGGAAGAGGAGAATGCTATTGAAGAGATGCCAGCTTGTCGTCGAATGTTCAATATATTTCACCCCTATGATCCTGTTGCATA
                            ctctaaa  putative branch site (score: 3)
                  tctttatat  TA-rich tract