Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcccatcttgttttgtcttttcattcaattgttgactggtgtaagcttgcatgaagttggaattcatggtctgttcatggacatattacagATTTCCATTTATGGACATTCTCTGGGGAGTGTTCTCTCCTATGACATCTTATGTCATCAGCACAACTTGTCATCCCCATTTCCAATGGATTCAGTATACA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G31480.1
intron # 11
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G31480.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 11
lower sequence: GLYMA09G36920.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtgcccatcttgttttgtcttttcattcaattgttgactggtgtaagcttgcatgaagttggaattcatggtctgttcatggacatat-tacagATTTCCATTTATGGACATTCTCTGGGGAGTGTTCTCTCCTATGACATCTTATGTCATCAGCACAACTTGTCATCCCCATTTCCAATGGATTCAGTATACA
      ||  |  |  |    ||   |  ||| ||  ||  | ||   || ||  | ||    | |  |  ||  ||||||   |  | |  || ||||  | ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| | || |||||  | ||  | ||||||||||||||||||||||  || || |
----gtatgctagtgagaaaatttgctttatttttcccta-tatacattttca--atgtctatagtagt--tcacttcatgccaacttgtgtagGTTTCATTATATGGTCATTCTCTGGGAAGTGTCCTCTCATATGATATCCTTTGCCATCAAGATAATCTATCATCCCCATTTCCAATGGATTGGGTGTATA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggtgtaagcttgcatgaagttggaattcatggtctgttcatggacatattacagATTTCCATTTATGGACATTCTCTGGGGAGTGTTCTCTCCTATGACATCTTATGTCATCAGCACAACTTGTCATCCCCATTTCCAATGGATTCAGTATACA
                                            acatatta  TA-rich tract