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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgcaacaaaaattcaaaaccctaaatatcaaattcccaatctttatatcatgtgccatttcatctgtaacatgaaccctccttgtgtctttggttttgcagGTGTTCACCTTCAGCCAGAAGATCTCAGTGAACTTCCAGCTGCTGTTGCGCTTCATCCAAGGCATTTCATTACTGCTTGCCTTGGCTGGCATAGTCATAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g01200.t01
intron # 46
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110369455|gb|EC933615.1|EC933615
EST:     TATACGGCCTATCATGGATCGTGTTGGCTGTGCTAATAATTCTCTTCAAG                         GTGTTCACCTTCAGCCAGAAGATCTCAGTGAACTTCCAGCTGCTGTTGCGC
genomic: TATACGGCCTATCATGGATCGTGTTGGCTGTGCTAATAATTCTCTTCAAGgtctgcaaca ... ggttttgcagGTGTTCACCTTCAGCCAGAAGATCTCAGTGAACTTCCAGCTGCTGTTGCGC
EST: gi|110358783|gb|EC923252.1|EC923252
EST:     TATACGGCCTATCATGGATCGTGTTGGCTGTGCTAATAATTCTCTTCAAG                         GTGTTCACCTTCAGCCAGAAGATCTCAGTGAACTTCCAGCTGCTGTTGCGC
genomic: TATACGGCCTATCATGGATCGTGTTGGCTGTGCTAATAATTCTCTTCAAGgtctgcaaca ... ggttttgcagGTGTTCACCTTCAGCCAGAAGATCTCAGTGAACTTCCAGCTGCTGTTGCGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcatgtgccatttcatctgtaacatgaaccctccttgtgtctttggttttgcagGTGTTCACCTTCAGCCAGAAGATCTCAGTGAACTTCCAGCTGCTGTTGCGCTTCATCCAAGGCATTTCATTACTGCTTGCCTTGGCTGGCATAGTCATAG
                 ctgtaac  putative branch site (score: 3)
          atttcat  TA-rich tract