Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G848768_T02
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71769910|gb|DR967847.1|DR967847
EST:     GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGAC                         CGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTG
genomic: GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGACc ... cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAGgtaatgga
EST: gi|60346439|gb|DN213412.1|DN213412
EST:     GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGAC                         CGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTG
genomic: GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGACc ... cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAGgtaatgga
EST: gi|32868231|gb|CF007913.1|CF007913
EST:     GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGGTGGGGCTGGAC                         CGGTCTAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTG
genomic: GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGACc ... cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAGgtaatgga
EST: gi|7031294|gb|AW461032.1|AW461032
EST:     GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGAC                         CGTTCTAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTG
genomic: GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGACc ... cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAGgtaatgga
EST: gi|149076676|gb|EE165319.2|EE165319
EST:     GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGAC                         CGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTG
genomic: GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGACc ... cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAGgtaatgga
EST: gi|91874450|gb|EB404407.1|EB404407
EST:     GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGAC                         CGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTG
genomic: GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGACc ... cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAGgtaatgga
EST: gi|211361818|gb|FL432329.1|FL432329
EST:     GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGAC                         CGTTCTAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTG
genomic: GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGACc ... cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAGgtaatgga
EST: gi|211292683|gb|FL176851.1|FL176851
EST:     GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGAGGCTGGAC                         CGTTCTAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTG
genomic: GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGACc ... cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAGgtaatgga
EST: gi|74238395|gb|DT646309.1|DT646309
EST:     GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGAC                         CGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTG
genomic: GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGACc ... cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAGgtaatgga
EST: gi|33942354|gb|CF348954.1|CF348954
EST:     GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGAC                         CGTTCTAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTG
genomic: GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGACc ... cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAGgtaatgga
EST: gi|148946680|gb|EC891943.2|EC891943
EST:     GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGAC                         CGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTG
genomic: GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGACc ... cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAGgtaatgga
EST: gi|149100616|gb|EE186704.2|EE186704
EST:     GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGAC                         CGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTG
genomic: GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGACc ... cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAGgtaatgga
EST: gi|32859198|gb|CD998879.1|CD998879
EST:     GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGAC                         CGTTCTAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTG
genomic: GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGACc ... cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAGgtaatgga
EST: gi|78074202|gb|DV502636.1|DV502636
EST:     GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGAC                         CGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTG
genomic: GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGACc ... cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAGgtaatgga
EST: gi|88752432|gb|DY536573.1|DY536573
EST:     GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGAC                         CGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTG
genomic: GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGACc ... cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAGgtaatgga
EST: gi|149101630|gb|EE187762.2|EE187762
EST:     GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGAC                         CGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTG
genomic: GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGACc ... cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAGgtaatgga
EST: gi|101388206|gb|EB816117.1|EB816117
EST:     GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGAC                         CGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTG
genomic: GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGACc ... cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAGgtaatgga
EST: gi|60345789|gb|DN212762.1|DN212762
EST:     GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGAC                         CGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTG
genomic: GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGACc ... cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAGgtaatgga
EST: gi|101394624|gb|EB819247.1|EB819247
EST:     GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGAC                         CGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTG
genomic: GCCTTCGCCTCTCAGTTTGTCTATTGCTGCAACAAGTTGGGGCTGGACc ... cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAGgtaatgga

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cCGTTCCAAAGTAAATGTAAATGGAGGCGCGATTGCCCTTGGACACCCTCTGGGTGCAACAG

- - - - - - - - - -  TGGAGG