Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGAAGCAAAATACTGTGTCAAGGGAGCATGAGGATGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctccaaaaatttcctaccttttatcatcacgttctgatgttttttattctattacttctgtag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G164562_T01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G164562_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os03g14990.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
AAGAAGCAAAATACTGTGTCAAGGGAGCATGAGGATGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctccaaaaatttcctaccttt-tatcatcacgttctgatgttttttattctattacttctgtag-----------------------------
||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||  || |    | | ||||||   |   |  |     | || |  |      | | |  | |  ||                             
AAGAAACAACATACTGTTTCAAGGGAGCATGAGGATGTTGAACTTTTAGCAAGGGGCCGCCACGACCCATGTGTTGTCCCTCGCGgtaatggatctacggctctactacctccgtcctagaataagttaatatagtacgggatgtgatatatccagtataacgaatttggtcaaacacctatcca
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211540750|gb|FL105308.1|FL105308
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|211540751|gb|FL105309.1|FL105309
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGTATCCATGGCCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTC
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGC-TGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTC
EST: gi|17931428|gb|BM268388.1|BM268388
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|60357187|gb|DN224160.1|DN224160
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|78089033|gb|DV517426.1|DV517426
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|32862616|gb|CF002298.1|CF002298
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|7216715|gb|AW562837.1|AW562837
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|40335508|gb|CK369578.1|CK369578
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|213172541|gb|FM189510.1|FM189510
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATNNGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTC
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATG-GCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTC
EST: gi|211540748|gb|FL105306.1|FL105306
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|113701263|gb|EE678767.1|EE678767
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|211229044|gb|FL456611.1|FL456611
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGG-TGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|32944234|gb|CF049053.1|CF049053
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|60337133|gb|DN204106.1|DN204106
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|5650286|gb|AI920646.1|AI920646
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|148963944|gb|EE015066.2|EE015066
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|37385128|gb|CF629683.1|CF629683
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|45568545|gb|CK986116.1|CK986116
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|7304468|gb|AW600407.1|AW600407
EST:     CATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: CATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|5714166|gb|AI944151.1|AI944151
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|211540749|gb|FL105307.1|FL105307
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|5915153|gb|AW052794.1|AW052794
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|211086351|gb|FL105311.1|FL105311
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|67042195|gb|CO468450.1|CO468450
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATC-ATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|5901142|gb|AW042242.1|AW042242
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|116822041|gb|EC865407.1|EC865407
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
EST: gi|56382373|gb|CV985042.1|CV985042
EST:     TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAG                         CTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA
genomic: TGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 97

AAGAAGCAAAATACTGTGTCAAGGGAGCATGAGGATGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCATGGCGCATATTGCCCAGTGTGAGATGTTTCCGCTGAACCTTGCCCTACA


Block sizes: 49 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 194

AAGAAGCAAAATACTGTGTCAAGGGAGCATGAGGATGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCATGGCGCATATTGCCCAGTGTGAGATGTTTCCGCTGAACCTTGCCCTACA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 125

AAGAAGCAAAATACTGTGTCAAGGGAGCATGAGGATGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCATGGCGCATATTGCCCAGTGTGAGATGTTTCCGCTGAACCTTGCCCTACA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 198

AAGAAGCAAAATACTGTGTCAAGGGAGCATGAGGATGTTGAACTTTTGGCAAGGGGGCGCCATGACCCCTGTGTTGTCCCTCGAGgtaatgtctc ... acttctgtagCTGTTCCTATGGTGGAATCCATGGCTGCGCTGGTCCTGATGGACCAGCTCATGGCGCATATTGCCCAGTGTGAGATGTTTCCGCTGAACCTTGCCCTACA