ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
PPT, BS, UA-tract
cis-regulatory elements

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

...tatttagcatttgatgatcaaatgtgaagaattatatgctgtgtcatgactcatgacgcccttgttcaccatctgttgattatgtttcattttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAGCTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G117900_T01
intron #	4
splice site	3'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G117900_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os12g07740.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4

--tatttagcatttgatgatcaaatgtgaagaattatatgctgtgtcatgactcatgacgcccttgttcaccatctgttgattat-gtttcatttta-attaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAGCTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC
   ||| | |  ||   ||| |    |   |  | |   ||| |   |  |    ||  || |||||||||  | |||||| | | ||||| | ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
gccattcacctcttag-gattattgctttggtgtgaa--gctcttatacaatatgtg-tgctcttgttcactctttgttgactttagtttcctattacataaagGGCTTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCACTGTGATGTGCCTGGGTTTGAAAACACTAGGATGAAGCTACTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGT

upper sequence: GRMZM2G117900_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os12g41400.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4

---tatttagcatttgatgatcaaatgtgaagaattatatgctgtgtcatgactcatgacgcccttgttcaccatctgttgattatgtttcatttta-attaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAGCTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC
   ||| |  ||||     |   |          ||  |||    |  |   |   ||| || ||    ||| || |||||| | | |||| | ||| || |||||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
aattatctgccattcacctacttaggactgctgctttgatgtcaagctaatgcatgtga-gctctg---cactatatgttgactttttttcctgttatataaagGGCTTATGGAAGTGGAAAAGAAGATAGCCCTCACTGTGATGTGCCTGGGTTTGAAAACACTAGGATGAAGCTACTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGT

upper sequence: GRMZM2G117900_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA15G40750.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4

tatttagcatttgatgatcaaatgtgaagaattatatgctgtgtcatgac-tcatgacgcccttgttcaccatctgttgattatgtttcattttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAGCTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC
              ||   |  | |      ||| ||      | ||||  |||      | |   |     |  | |||| |  |||  || ||    ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||  |  |||||  | |||||||||||||| ||||| ||||| 
-------------gtgggtatttatt-----ttacatttgccattatgatatcagattatcttaacttttggtgaggtgatca-atttttttctac---agGGCTTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTATGTGTGATGTGCCAGGATTTGAAAACAGCAAGATGAAATTGCTGAGACATGTTTCATTTGTGGATTGT

upper sequence: GRMZM2G117900_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv10s0042g01220.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3

tatttagcatttgatgatcaaatgtgaagaattatatgctgtgtcatgactcatgacgcccttgttcaccatctgttgattatgtttca--ttttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAGCTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC
    |||  |  |||| || ||| |  | |  |||||  | | |      |  | | |      |    | | |  |  |||| ||  |  | ||| |  |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||   || |||||| | ||  ||||||| || ||||| ||||||
---gtagggt--gatg-tctaatatatatatatatata-tatatatctgtttttcatgttaacttcaggcttttcattgttatattcaaaatattattgcagGGCCTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCTCTCTGTGATGTGCCTGGGTTTGAAAACTGCAGGATGAAGTTGCTACGACATGTGTCCTTTGTAGATTGC

upper sequence: GRMZM2G117900_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv13s0074g00310.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4

tatttagcatttgatgatcaaatgtgaagaattatatgctgtgtcatgactcatgacgcccttgttcaccatctgttgattatgtttca--ttttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAGCTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC
                     | ||  | | |||  || |   ||   | |  | ||     | |    | | |  |  |||| ||  |  | ||  |  |||||||||||||| ||||| |||||||| || || |||||||||||||| |||||||||   || |||||| | ||| ||||||| |||||||| ||||||
-------------------gtaggttgatatttaattgatacatct--attttttacattaatttcagtcttttcattgttatattcaaaatgttgttgcagGGCCTATGGAAGTGGAAAGGAAGATAGTCCACTCTGTGATGTGCCTGGTTTTGAAAACTGCAGGATGAAGTTGCTGCGACATGTATCTTTTGTAGATTGC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|211366434|gb|FL064277.1|FL064277

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGG
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGG

EST: gi|211366429|gb|FL064272.1|FL064272

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAA-ATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGANT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|148932915|gb|EE285716.2|EE285716

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|211369085|gb|FL064283.1|FL064283

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCC-TCTATGTGATGTGC
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGC

EST: gi|211221672|gb|FL287024.1|FL287024

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|211221673|gb|FL287025.1|FL287025

EST:     AAAATCTACAAATGTGASGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|211363769|gb|FL064256.1|FL064256

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATA
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATA

EST: gi|32932475|gb|CF037287.1|CF037287

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTACCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|32935513|gb|CF040325.1|CF040325

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|67038206|gb|CO464536.1|CO464536

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|211366433|gb|FL064276.1|FL064276

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAA-ATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|211363771|gb|FL064258.1|FL064258

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGKAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGAT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAG-AAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGAT

EST: gi|211366430|gb|FL064273.1|FL064273

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTG
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTG

EST: gi|211369089|gb|FL064287.1|FL064287

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGA-GATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|148952113|gb|EC897906.2|EC897906

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|211363774|gb|FL064261.1|FL064261

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|211369090|gb|FL064288.1|FL064288

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|211369087|gb|FL064285.1|FL064285

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGA
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGA

EST: gi|32944740|gb|CF049559.1|CF049559

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|58029454|gb|CX724881.1|CX724881

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|211369088|gb|FL064286.1|FL064286

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|71449155|gb|DR830205.1|DR830205

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|211369081|gb|FL064279.1|FL064279

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|32910958|gb|CF015770.1|CF015770

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|211366428|gb|FL064271.1|FL064271

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGT

EST: gi|211363772|gb|FL064259.1|FL064259

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|211366423|gb|FL064266.1|FL064266

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTG
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTG

EST: gi|211369086|gb|FL064284.1|FL064284

EST:     AAATCTACAAGTTGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAAGCGGAAA-GAAGATAGCCTTCTATGTGATGTGGCTTGGA
genomic: AAATCTACAAAT-GTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAA-GCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCT-GGA

EST: gi|32945952|gb|CF050771.1|CF050771

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|211369080|gb|FL064278.1|FL064278

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|211369083|gb|FL064281.1|FL064281

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGAGGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|211366432|gb|FL064275.1|FL064275

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

EST: gi|211366426|gb|FL064269.1|FL064269

EST:     AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAA                         GGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT
genomic: AAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATT

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 252

AGAATGAGCTGGAACGTAACATTACTATAAAGCTGGGCTATGCTAATGCAAAAATCTACAAATGTGAGGATGACAGATGTCCACGACCAATGTGCTACAAgtatgcttac ... tttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAGCTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 238

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 245

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 209

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgactcatgacgcccttgttcaccatctgttgattatgtttcattttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAGCTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC

                                            ttttaat  putative branch site (score: 209)
                                       tttcatttt  CT-rich tract
                              ttgattatgtttcatt  TA-rich tract

Putative cis-regulatory sequences

atgc	intron	ATGC	exonic elements by Pertea et al.
ATGC	exon	atgc	putative intronic elements
		ATGC	putative exonic elements identified for retained introns

        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tatttagcatttgatgatcaaatgtgaagaattatatgctgtgtcatgactcatgacgcccttgttcaccatctgttgattatgtttcattttaattaagGGCCTATGGAAGCGGAAAAGAAGATAGCCCTCTATGTGATGTGCCTGGATTTGAAAACACTAGAATGAAGCTCCTGAGACATGTTTCTTTTGTTGATTGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC