Skip to another splice site:
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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cgatgctatgctagagaggaagaatgcttaatgctgtttctcatgtagttagtgttgagtaagtaagcactgaacaaagacactaggtttatctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGACTTAAGCAAATTGGATGTGACAAAGCTTGACCCACTGTCACCTGAAGTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G117900_T01
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G117900_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os12g41400.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
cgatgctatgctagagaggaagaatgcttaatgctgtttctcatgtagttagtgttgagtaagtaagcactgaacaaagacactaggtttatctttccagTTACCACTGT-GCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGACTTAAGCAAATTGGATGTGACAAAGCTTGACCCACTGTCACCTGAAGTT--------------
   |   |||   | |||  || ||| ||    ||||||  | || | || || ||       ||  || ||||||| |||| | |||  | ||| |   ||| || | | || ||||| || ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | || |||||||||||  ||||  | || |||||||||              
-agtttcatgggtg-gagatagcatgtttt---ctgtttacc-tgcatttggtatt-------tacacagtgaacaa-gacagttggtg-accttgctgtttaacatttttgcagTTTCAAACATGTCTCGCCGAGGATTGATGGAGCAGGACTTAAGCAAGCTTGACGTGACAAAGCTCCACCCGTTATCGCCTGAAGTTATCTCACGCCAGGC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211366434|gb|FL064277.1|FL064277
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCTCTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211366429|gb|FL064272.1|FL064272
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACTACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|148932915|gb|EE285716.2|EE285716
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211369085|gb|FL064283.1|FL064283
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACTACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211366427|gb|FL064270.1|FL064270
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCTCTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211363769|gb|FL064256.1|FL064256
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCTCTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|67038206|gb|CO464536.1|CO464536
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCTCTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211366433|gb|FL064276.1|FL064276
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACTACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211363771|gb|FL064258.1|FL064258
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCTCTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211366430|gb|FL064273.1|FL064273
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACTACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211369089|gb|FL064287.1|FL064287
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACTACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|148952113|gb|EC897906.2|EC897906
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211363774|gb|FL064261.1|FL064261
EST:     GGTGCCCAAGGTCTTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCTCTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: GGTGCCC-AGGTC-TGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211369090|gb|FL064288.1|FL064288
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACTACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211369087|gb|FL064285.1|FL064285
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCTCTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|58029454|gb|CX724881.1|CX724881
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACTACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211366425|gb|FL064268.1|FL064268
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACTACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211366421|gb|FL064264.1|FL064264
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCTCTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211369088|gb|FL064286.1|FL064286
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCTCTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211366431|gb|FL064274.1|FL064274
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCTCTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|71449155|gb|DR830205.1|DR830205
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211366424|gb|FL064267.1|FL064267
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCTCTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211369081|gb|FL064279.1|FL064279
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCTCTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|32910958|gb|CF015770.1|CF015770
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCTCTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211366428|gb|FL064271.1|FL064271
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACTACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211363772|gb|FL064259.1|FL064259
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACTACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211366423|gb|FL064266.1|FL064266
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACTACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211369086|gb|FL064284.1|FL064284
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACTACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211363773|gb|FL064260.1|FL064260
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCTCTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211369080|gb|FL064278.1|FL064278
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACTACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211369083|gb|FL064281.1|FL064281
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCTCTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211363770|gb|FL064257.1|FL064257
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCTCTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211366432|gb|FL064275.1|FL064275
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACTACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
EST: gi|211366426|gb|FL064269.1|FL064269
EST:     CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAG                         TTACCTCTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA
genomic: CAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 44 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 144

TCCCACTAGCGACGACTGGGCGACCTCCGCCGCCACACTAAACCCTACTCCAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGACTTAAGCAAATTGGATGTGACAAAGCTTGACCCACTGTCACCTGAAGTT


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 115

TCCCACTAGCGACGACTGGGCGACCTCCGCCGCCACACTAAACCCTACTCCAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGACTTAAGCAAATTGGATGTGACAAAGCTTGACCCACTGTCACCTGAAGTT


Block sizes: 45 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 104

TCCCACTAGCGACGACTGGGCGACCTCCGCCGCCACACTAAACCCTACTCCAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGACTTAAGCAAATTGGATGTGACAAAGCTTGACCCACTGTCACCTGAAGTT


Block sizes: 45 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 133

TCCCACTAGCGACGACTGGGCGACCTCCGCCGCCACACTAAACCCTACTCCAGGTGCCCAGGTCTGCGTCGGGCCCTTGCCGGCGACGAGCACCCGCTAGgtatgtctat ... atctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGACTTAAGCAAATTGGATGTGACAAAGCTTGACCCACTGTCACCTGAAGTT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagttagtgttgagtaagtaagcactgaacaaagacactaggtttatctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGACTTAAGCAAATTGGATGTGACAAAGCTTGACCCACTGTCACCTGAAGTT
                                          tttatctttcc  CT-rich tract
                                          tttatcttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cgatgctatgctagagaggaagaatgcttaatgctgtttctcatgtagttagtgttgagtaagtaagcactgaacaaagacactaggtttatctttccagTTACCACTGTGCGGTTTCCAAGATGGCTCGCCGTGGATTGATGGAACAGGACTTAAGCAAATTGGATGTGACAAAGCTTGACCCACTGTCACCTGAAGTT

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- - gctatgc
- - - - - - - - - - - - tgcttaa
- - - - - - - - - - - - - - - -tgctgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cactgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaagaca