1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...cacagtgcactagagagtagagactagactagcagcagcaagtgatgtctgatgactgagcaaaatgaatgggctggatgatctgttgcctatcttgcagTTGTCGTGGGGGCCGTTGCTGTACCAGGTGTCCCGGGTGGACGAGAAGGGCCTGCAGCAGTGCAACAGCGTGGCGGCCAAGATCAAGGAGCAGCTGGAGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G106165_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCGCCGGCGTCGCCCTCGGGGATAGCTGGATCTCGCCGCTCGACTTCGTG TTGTCGTGGGGGCCGTTGCTGTACCAGGTGTCCCGGGTGGACGAGAAGGGCEST: gi|32827593|gb|CD967271.1|CD967271
genomic: TCGCCGGCGTCGCCCTCGGGGATAGCTGGATCTCGCCGCTCGACTTCGTGgtgagtttca ... tatcttgcagTTGTCGTGGGGGCCGTTGCTGTACCAGGTGTCCCGGGTGGACGAGAAGGGC
EST: GATCTCGGCGGTCGACTTCGTG TTGTCGTGGGGGCCGTTGCTGTACCAGGTGTCCCGGGTGGACGAGAAGGGC
genomic: GATCTCGCCGCTCGACTTCGTGgtgagtttca ... tatcttgcagTTGTCGTGGGGGCCGTTGCTGTACCAGGTGTCCCGGGTGGACGAGAAGGGC
tgtctgatgactgagcaaaatgaatgggctggatgatctgttgcctatcttgcagTTGTCGTGGGGGCCGTTGCTGTACCAGGTGTCCCGGGTGGACGAGAAGGGCCTGCAGCAGTGCAACAGCGTGGCGGCCAAGATCAAGGAGCAGCTGGAGA
gtctgat putative branch site (score: 4)
cctatctt putative PPT
aaaatgaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cacagtgcactagagagtagagactagactagcagcagcaagtgatgtctgatgactgagcaaaatgaatgggctggatgatctgttgcctatcttgcagTTGTCGTGGGGGCCGTTGCTGTACCAGGTGTCCCGGGTGGACGAGAAGGGCCTGCAGCAGTGCAACAGCGTGGCGGCCAAGATCAAGGAGCAGCTGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA