Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTGGGCGGATTGGCAGGTTGGTCCTGCGAATTGCAACCAGCAGAGATGATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagctaattcttattttggttataatatttcacatgtcagattctggacgtttcatttgacaacaatgagctaattaagagttttgtttgcatt...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G104632_T01
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G104632_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os02g07490.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
GTTTGGGCGGATTGGCAGGTTGGTCCTGCGAATTGCAACCAGCAGAGATGATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagctaattcttattttggttataatatttcacatgtcagattctggacgtttcatttga-caacaatgagctaattaagagttttgtttgcatt-
||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  || |||  ||| |     ||   |  || || ||| |   |||  | ||||||| | |||  |  |    |||   | |||||   | ||  
GTTTGGGCGAATTGGGAGGTTGGTCCTGCGTATTGCAACCAGTAGAGATGATATTGAAGTTGTTGCTGTCAATGATCCTTTCATTGATGCTAAATACATGgtaagaaaa-tagttcaaattatttgcctacc-tcccatatttcataccttggttgcttcatttaatcaatgaacattatattttcaattttggggggatga

upper sequence: GRMZM2G104632_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT1G79530.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
GTTTGGGCGGATTGGCAGGTTGGTCCTGCGAATTGCAACCAGCAGAGATGATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagctaattcttattttggttataatatttcacatgtcagattctggacgtttcatttgaca---acaatgagctaattaagagttttgtttg-catt-------------------------------------
 ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||    || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||   ||   || |  || ||  | || |     | |   |      |||| |    |||   | |||| |  |  |   |||  | |||  || |                                     
TTTTGGTCGGATTGGAAGGTTGGTCCTCCGCATTGCAACATCAAGGGATGATATTGAGGTTGTAGCAGTGAATGACCCATTCATTGATGCCAAGTACATGgtaaggatgcc--ttacaatctgagtcatgttcttgcttgcttgaacctggtatagtttgagaaaacattgaaaatgcgtcatatgttagtcctctttttcactgaacaaatgtctggttttctatccccctattccacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9961539|gb|BE644327.1|BE644327
EST:     ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATG                         GCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT
genomic: ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagc ... ccctttccagGCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT
EST: gi|67017162|gb|CO445911.1|CO445911
EST:     ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATG                         GCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT
genomic: ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagc ... ccctttccagGCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT
EST: gi|211009063|gb|FL066254.1|FL066254
EST:     ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATG                         GCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT
genomic: ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagc ... ccctttccagGCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT
EST: gi|21088933|gb|BQ401246.1|BQ401246
EST:     ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATG                         GCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT
genomic: ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagc ... ccctttccagGCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT
EST: gi|15632381|gb|BI679474.1|BI679474
EST:     ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATG                         GCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT
genomic: ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagc ... ccctttccagGCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT
EST: gi|6564069|gb|AW231691.1|AW231691
EST:     ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATG                         GCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT
genomic: ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagc ... ccctttccagGCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT
EST: gi|32799643|gb|CD951879.1|CD951879
EST:     ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATG                         GCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCATTTA
genomic: ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagc ... ccctttccagGCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTA
EST: gi|28987666|gb|CB351748.1|CB351748
EST:     ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATG                         GCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT
genomic: ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagc ... ccctttccagGCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT
EST: gi|5928870|gb|AW056162.1|AW056162
EST:     ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATG                         GCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT
genomic: ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagc ... ccctttccagGCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT
EST: gi|21809653|gb|BQ667971.1|BQ667971
EST:     ATATTGAAGTTG-GGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATG                         GCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT
genomic: ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagc ... ccctttccagGCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT
EST: gi|32796951|gb|CD949187.1|CD949187
EST:     ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATG                         GCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTA
genomic: ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagc ... ccctttccagGCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTA
EST: gi|91869745|gb|EB400519.1|EB400519
EST:     ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATG                         GCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT
genomic: ATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagc ... ccctttccagGCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 498

GTTTGGGCGGATTGGCAGGTTGGTCCTGCGAATTGCAACCAGCAGAGATGATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagc ... ccctttccagGCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATTCGTGTCGTGGATGATTCAACCCTCGAGATCAATGGGAAGAAGGTCACAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 251

GTTTGGGCGGATTGGCAGGTTGGTCCTGCGAATTGCAACCAGCAGAGATGATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagc ... ccctttccagGCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATTCGTGTCGTGGATGATTCAACCCTCGAGATCAATGGGAAGAAGGTCACAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 153

GTTTGGGCGGATTGGCAGGTTGGTCCTGCGAATTGCAACCAGCAGAGATGATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagc ... ccctttccagGCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATTCGTGTCGTGGATGATTCAACCCTCGAGATCAATGGGAAGAAGGTCACAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 580

GTTTGGGCGGATTGGCAGGTTGGTCCTGCGAATTGCAACCAGCAGAGATGATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagc ... ccctttccagGCCTATATGTTCAAGTATGATTCCACTCATGGCCCGTTTAAAGGTTCTATTCGTGTCGTGGATGATTCAACCCTCGAGATCAATGGGAAGAAGGTCACAA


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTTGGGCGGATTGGCAGGTTGGTCCTGCGAATTGCAACCAGCAGAGATGATATTGAAGTTGTGGCTGTGAATGACCCTTTCATTGATGCTAAGTACATGgtaaggaagctaattcttattttggttataatatttcacatgtcagattctggacgtttcatttgacaacaatgagctaattaagagttttgtttgcatt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG