1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
CTACCCAGAAGACCGTCGATGGTCCTTCGATGAAGGATTGGAGAGGAGGACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaagccaaaggcacaccatgtttagtttagactcaaattttgcacttactggtttcactttattgtcag
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G104632_T01 |
intron # | 10 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCATCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|31354565|gb|CD438922.1|CD438922
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|60397796|gb|DN230612.1|DN230612
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|67023119|gb|CO451868.1|CO451868
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTTGTATGGCCEST: gi|91869744|gb|EB400518.1|EB400518
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: CCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTGGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|211318619|gb|FL124696.1|FL124696
genomic: CCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|31352951|gb|CD437308.1|CD437308
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|211011830|gb|FL066256.1|FL066256
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAEST: gi|67017162|gb|CO445911.1|CO445911
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGA
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|71449916|gb|DR830966.1|DR830966
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGACAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|78543682|gb|DV621180.1|DV621180
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|16925198|gb|BM078266.1|BM078266
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|211011831|gb|FL066257.1|FL066257
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: TCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|6526690|gb|AW215981.1|AW215981
genomic: TCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|149048877|gb|EE048377.2|EE048377
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: CCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|24769367|gb|CA404496.1|CA404496
genomic: CCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|110201672|gb|EC883569.1|EC883569
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: AACATAATTCCCAGCCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTCCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|32945687|gb|CF050506.1|CF050506
genomic: AACATAATTCCCAG-CTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|60347428|gb|DN214401.1|DN214401
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|32857247|gb|CD996928.1|CD996928
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGACCEST: gi|16927361|gb|BM080430.1|BM080430
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: NACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|71449917|gb|DR830967.1|DR830967
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGACAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|211391098|gb|FL437304.1|FL437304
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: CAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|60355829|gb|DN222802.1|DN222802
genomic: CAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|71320203|gb|DR796854.1|DR796854
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|211318615|gb|FL124692.1|FL124692
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|113703938|gb|EE681442.1|EE681442
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCCEST: gi|60396993|gb|DN229812.1|DN229812
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
EST: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAG GCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
genomic: GACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaag ... ttattgtcagGCTGTTGGAAAAGTCCTGCCTGAGCTGAATGGAAAACTCACTGGTATGGCC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTACCCAGAAGACCGTCGATGGTCCTTCGATGAAGGATTGGAGAGGAGGACGTGGTGCTGCCCAAAACATAATTCCCAGCTCCACTGGTGCAGCAAAGgtagctgaagccaaaggcacaccatgtttagtttagactcaaattttgcacttactggtttcactttattgtcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG