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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTGCCGTCGCTAAGATGGCGAGGATGGTTGAGGAAGCACAGAACAGTAGGTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCGgtaagaagccaaatatacgagacggttcctacgatcagtgcagatagttttacttttctagatgtttattaccaacgcaaatagttagttacacaagacggcggctccttttccttactgttcgtcgtcatcttgttggatcttgtacgtaccttcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G099191_T02
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149103749|gb|EE289155.2|EE289155
EST:     GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCG                         CTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
genomic: GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCGgtaagaagcc ... gtaccttcagCTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
EST: gi|148934257|gb|EC878279.2|EC878279
EST:     GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCG                         CTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
genomic: GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCGgtaagaagcc ... gtaccttcagCTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
EST: gi|149070628|gb|EE159039.2|EE159039
EST:     GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCG                         CTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
genomic: GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCGgtaagaagcc ... gtaccttcagCTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
EST: gi|148934258|gb|EC878280.2|EC878280
EST:     GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCG                         CTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
genomic: GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCGgtaagaagcc ... gtaccttcagCTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
EST: gi|149079488|gb|EE168465.2|EE168465
EST:     GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCG                         CTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
genomic: GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCGgtaagaagcc ... gtaccttcagCTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
EST: gi|149004834|gb|EE039339.2|EE039339
EST:     GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCG                         CTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
genomic: GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCGgtaagaagcc ... gtaccttcagCTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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TCTGCCGTCGCTAAGATGGCGAGGATGGTTGAGGAAGCACAGAACAGTAGGTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCGgtaagaagccaaatatacgagacggttcctacgatcagtgcagatagttttacttttctagatgtttattaccaacgcaaatagttagttacacaagacggcggctccttttccttactgttcgtcgtcatcttgttggatcttgtacgtaccttcag

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