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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagaagccaaatatacgagacggttcctacgatcagtgcagatagttttacttttctagatgtttattaccaacgcaaatagttagttacacaagacggcggctccttttccttactgttcgtcgtcatcttgttggatcttgtacgtaccttcagCTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAGCGCACAACCTCAAGCACTGGTTCCAACTGGCCCTGGTCCTGCTGGTGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G099191_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149103749|gb|EE289155.2|EE289155
EST:     GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCG                         CTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
genomic: GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCGgtaagaagcc ... gtaccttcagCTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
EST: gi|148934257|gb|EC878279.2|EC878279
EST:     GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCG                         CTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
genomic: GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCGgtaagaagcc ... gtaccttcagCTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
EST: gi|149070628|gb|EE159039.2|EE159039
EST:     GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCG                         CTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
genomic: GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCGgtaagaagcc ... gtaccttcagCTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
EST: gi|148934258|gb|EC878280.2|EC878280
EST:     GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCG                         CTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
genomic: GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCGgtaagaagcc ... gtaccttcagCTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
EST: gi|149079488|gb|EE168465.2|EE168465
EST:     GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCG                         CTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
genomic: GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCGgtaagaagcc ... gtaccttcagCTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
EST: gi|149004834|gb|EE039339.2|EE039339
EST:     GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCG                         CTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG
genomic: GTCCCGAACTCAGAGGCTGATTGATACGTGCGCCAAGTACTATACGCCCGgtaagaagcc ... gtaccttcagCTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctccttttccttactgttcgtcgtcatcttgttggatcttgtacgtaccttcagCTGTTGTGGTCATGGCTGCGGGGGTGGCGGTGGTTCCTGTGGTGGTGAGAGCGCACAACCTCAAGCACTGGTTCCAACTGGCCCTGGTCCTGCTGGTGAG
        tccttac  putative branch site (score: 2)
                                              taccttc  putative PPT