Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttcaacatgtggctttagtttcactatgtacttgtcaaatggcaatgctgaccttggttgtcattgtactattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCTGATGCTACT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G088140_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G088140_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os12g13170.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtatgttcaacatgtgg-----ctttagtttcactatgtactt---gtcaaatggcaatgctgaccttgg---------ttgtcattgtactattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCTGATGCTACT
  ||||| |  | |  |     |||   |||    ||| |  |      ||||  || ||||||  || |         ||||||||| || ||  ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||
-catgtttataaggcagaatcccttatattttgggatggatgtagtactaaatatcattgctgagatttgactttcgttttgtcattgaacaatcctgcagGGCGCACACCCATTTACTCCATATGCCATGGCCTCTCCAAATGGCAATGCTGATCCTACT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71442579|gb|DR823629.1|DR823629
EST:     CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
genomic: CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
EST: gi|211353024|gb|FL036280.1|FL036280
EST:     CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATG
genomic: CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATG
EST: gi|211353025|gb|FL036281.1|FL036281
EST:     CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCG                         GGTGCACATCCA
genomic: CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCA
EST: gi|91873165|gb|EB403122.1|EB403122
EST:     CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
genomic: CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
EST: gi|211355418|gb|FL036286.1|FL036286
EST:     CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
genomic: CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
EST: gi|60355311|gb|DN222284.1|DN222284
EST:     CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
genomic: CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
EST: gi|211353023|gb|FL036279.1|FL036279
EST:     CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCG                         GGTGCACATCCATTTACTCC
genomic: CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCC
EST: gi|71772545|gb|DR970476.1|DR970476
EST:     CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCG                         GGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT
genomic: CATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCGgtatgttcaa ... tattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgtacttgtcaaatggcaatgctgaccttggttgtcattgtactattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCTGATGCTACT
                     tgctgac  putative branch site (score: 2)
                                          tactatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgttcaacatgtggctttagtttcactatgtacttgtcaaatggcaatgctgaccttggttgtcattgtactattgtgcagGGTGCACATCCATTTACTCCTTATGCCATTACTTCTCCAAATGGCAATGCTGATGCTACT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT