Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatatgattgtcagagaaccattcatctttctgaagaaagtaatgtactgaaactctagtatcctatgttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCGCCACTAAAGTTTGCAGTTGTCACAGAGAAAACA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G042818_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G042818_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g54860.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
-----------gtatatgattgtcagagaaccattcatctttctgaaga-aagtaatgtactgaaactctagtatcctat----gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCGCCACTAAAGTTTGCAGTTGTCACAGAGAAAACA
            | |||| ||||  ||| ||  ||        ||  |   | |  |||||| ||| ||||   |  |||     ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
gtgatgccctcttttatgtttgtgggaggactgttttctaacttgggggcgaattctgtactcaaattctatggttttatttcaattcatgcagGTGGCTCTTGTTAATGGACTTGTCATGGGTGGTGGTGCAGCCATGGTTGCTCCACTGAAGTTTGCAGTTGTCACAGAGAAAACA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33942681|gb|CF349281.1|CF349281
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|211380227|gb|FL081829.1|FL081829
EST:     TAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGT
genomic: TAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAA-CCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGT
EST: gi|101390789|gb|EB817329.1|EB817329
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|71448792|gb|DR829842.1|DR829842
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|148991517|gb|EE033036.2|EE033036
EST:     TAGAATGTATTGGCTTTGCTACCCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: TAGAATGTATTGGCTTTGCTACC-ACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|29544420|gb|CB604800.1|CB604800
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|78109535|gb|DV527951.1|DV527951
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|211252500|gb|FL081823.1|FL081823
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAWAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTT
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTT
EST: gi|211380232|gb|FL081834.1|FL081834
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|211380228|gb|FL081830.1|FL081830
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACTTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAAGTGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGC
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAA-TGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGC
EST: gi|211380226|gb|FL081828.1|FL081828
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|211380225|gb|FL081827.1|FL081827
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|211380234|gb|FL081836.1|FL081836
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|149000045|gb|EE037146.2|EE037146
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|76292518|gb|DV032086.1|DV032086
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|74239820|gb|DT647734.1|DT647734
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|71304196|gb|DR788218.1|DR788218
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|148930999|gb|EC873545.2|EC873545
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|60352184|gb|DN219157.1|DN219157
EST:     TAGAATGTATTGGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: TAGAATGTATT-GGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|30052459|gb|AI065748.2|AI065748
EST:     TTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: TTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|71429840|gb|DR810890.1|DR810890
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|22819358|gb|BU499448.1|BU499448
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGCTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|93012152|gb|EB637672.1|EB637672
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|211380236|gb|FL081838.1|FL081838
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|91056953|gb|EB167371.1|EB167371
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|211252498|gb|FL081821.1|FL081821
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|211380231|gb|FL081833.1|FL081833
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|211252499|gb|FL081822.1|FL081822
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|211380224|gb|FL081826.1|FL081826
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|211380235|gb|FL081837.1|FL081837
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|149089063|gb|EE178226.2|EE178226
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|148959115|gb|EE010592.2|EE010592
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|71448491|gb|DR829541.1|DR829541
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|74238393|gb|DT646307.1|DT646307
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|71447954|gb|DR829004.1|DR829004
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
EST: gi|22472580|gb|BU037060.1|BU037060
EST:     ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATG                         GTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG
genomic: ATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 90

ATGATTCCTGCCTCGAGGTTGTGTATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCGCCACTAAAGTTTGCAGTTGTCACAGAGAAAACA


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 203

ATGATTCCTGCCTCGAGGTTGTGTATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCGCCACTAAAGTTTGCAGTTGTCACAGAGAAAACA


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 226

ATGATTCCTGCCTCGAGGTTGTGTATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCGCCACTAAAGTTTGCAGTTGTCACAGAGAAAACA


Block sizes: 48 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 264

ATGATTCCTGCCTCGAGGTTGTGTATAGAATGTATTGGCTTTGCTACCACATTCACACGTACAAGAAAACCATGgtatatgatt ... gttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCGCCACTAAAGTTTGCAGTTGTCACAGAGAAAACA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcatctttctgaagaaagtaatgtactgaaactctagtatcctatgttcatgcagGTTGCTCTTGTTAATGGGCTTGTCATGGGTGGTGGCGCTGCAATGGTTGCGCCACTAAAGTTTGCAGTTGTCACAGAGAAAACA
              aaagtaat  TA-rich tract