Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggatgtcgtaccaatgagctgctgttgccttaaaaatgactcttcaacttggtgattgacattttcagtttgattttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G042818_T01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G042818_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os01g54860.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
-------gtatggatgtcgtaccaatgagctgctgttgcctt----aaaaatgactcttcaac-ttggtgat--tgacattttcagtttgattttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
       |  | |      ||  ||| ||   | ||     |    | |    |  ||   |  |   | ||  | | |||| ||  |  |  ||  | ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
gtactgtgatttgccactatatgaataagtaacggtgattcttgatacaggcaagactaagatgtcattcatcataatatttgcacctaaaactt--ggcagGGAATTAGAGCTCTCAGCATCGACAAAGACAATGCCCCTAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|74240479|gb|DT648393.1|DT648393
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|15053507|gb|BI359052.1|BI359052
EST:     AATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGNCAATGCCCCTAAG
genomic: AATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|32938089|gb|CF042908.1|CF042908
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|29544823|gb|CB605431.1|CB605431
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|37400624|gb|CF637668.1|CF637668
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|15057208|gb|BI361180.1|BI361180
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|148959114|gb|EC905254.2|EC905254
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTTTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|45568357|gb|CK986026.1|CK986026
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|45847153|gb|CN071096.1|CN071096
EST:     TGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: TGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|37392700|gb|CF633603.1|CF633603
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|20336949|gb|BQ172579.1|BQ172579
EST:     GCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTT-GTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|45847757|gb|CN071700.1|CN071700
EST:     GGCTTGCAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|33092056|gb|CF052050.1|CF052050
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|32930057|gb|CF034869.1|CF034869
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|71304194|gb|DR788217.1|DR788217
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|29544214|gb|CB604594.1|CB604594
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|37383733|gb|CF628896.1|CF628896
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|40303747|gb|CK348134.1|CK348134
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|84970253|gb|DW468603.1|DW468603
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|91053743|gb|EB164161.1|EB164161
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTTTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|74239819|gb|DT647733.1|DT647733
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|211149870|gb|FL475634.1|FL475634
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|29131056|gb|CB381760.1|CB381760
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCCTTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|37379687|gb|CF626591.1|CF626591
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
EST: gi|71762792|gb|DR960729.1|DR960729
EST:     GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAG                         GGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
genomic: GGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 86

CAGAGAAGGTCGAAAACAGAGTTTGCCTGAATGTTTGACTAAGGAATTTAGGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 238

CAGAGAAGGTCGAAAACAGAGTTTGCCTGAATGTTTGACTAAGGAATTTAGGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 168

CAGAGAAGGTCGAAAACAGAGTTTGCCTGAATGTTTGACTAAGGAATTTAGGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 297

CAGAGAAGGTCGAAAACAGAGTTTGCCTGAATGTTTGACTAAGGAATTTAGGCTTACAATGAATATACTGCGGTCTGTTGTCAATGGGGATGTTTATGAGgtatggatgt ... tttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaaaaatgactcttcaacttggtgattgacattttcagtttgattttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG
                                       tttgatttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatggatgtcgtaccaatgagctgctgttgccttaaaaatgactcttcaacttggtgattgacattttcagtttgattttacgacagGGCATTAGAGCTCTTAGCATCGATAAAGACAATGCCCCTAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT