Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggttgaattcaactatccatccaatgtatttctggatcctagtcctatcggcgttcacttttaaaattgtttgcttctcctttagGAATGGCCTTGTTGGGTGGTGATGTTACAACAACTGACCAAGCCGAGGTGCTCCCACTGCTTATGAGAAATGTTGAACGGAACAGATCTTGGATCTCACA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G013981_T03
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G013981_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os02g57330.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaggttgaattcaactatccatccaatgtatt-tctggatcctagtcctatcggcgttcacttttaaaattgtttgcttctcctttagGAATGGCCTTGTTGGGTGGTGATGTTACAACAACTGACCAAGCCGAGGTGCTCCCACTGCTTATGAGAAATGTTGAACGGAACAGATCTTGGATCTCACA
||| | ||  |  || || |  ||  |  || | |||| ||| |  |  |     ||  || |   |||||||   ||||||||   ||||||||| ||| ||||| |||| ||    ||||| |||||||  ||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||
gtaagatgggtcgaattacct-tcagagatactatctgaatcttgatggtgct--cgcccaataacaaaattgc--gcttctcccc-agGAATGGCTTTGCTGGGTTGTGACGTGGTTACAACAGACCAAGTTGAGGTGCTCCCGCTGCTTTTGAGGAATGTTGAACGCAACAAATCTTGGATTTCACA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211407963|gb|FL261717.1|FL261717
EST:     AGGAAAGAGAGTGATTGAATTGGGAGCTGGCTGCGGTCTAGCTGGGTTCG                         GAATGGCCTTGTTGGGTGGTGATGTTACAACAACTGACCAAGCCGAGGTGC
genomic: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTGGGAGCTGGCTGCGGTCTAGCTGGGTTCGgtaggttgaa ... tctcctttagGAATGGCCTTGTTGGGTGGTGATGTTACAACAACTGACCAAGCCGAGGTGC
EST: gi|211407967|gb|FL261721.1|FL261721
EST:     AGGAAAGAGAGTGATTGAATTGGGAGCTGGCTGCGGTCTAGCTGGGTTCG                         GAATGGCCTTGTTGGGTGGTGATGTTACAACAACTGACCAAGCCGAGGTGC
genomic: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTGGGAGCTGGCTGCGGTCTAGCTGGGTTCGgtaggttgaa ... tctcctttagGAATGGCCTTGTTGGGTGGTGATGTTACAACAACTGACCAAGCCGAGGTGC
EST: gi|51592994|gb|CV072140.1|CV072140
EST:     AGGAAAGAGAGTGATTGAATTGGGAGCTGGCTGCGGTCTAGCTGGGTTCG                         GAATGGCCTTGTTGGGTGGTGATGTTACAACAACTGACCAAGCCGAGGTGC
genomic: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTGGGAGCTGGCTGCGGTCTAGCTGGGTTCGgtaggttgaa ... tctcctttagGAATGGCCTTGTTGGGTGGTGATGTTACAACAACTGACCAAGCCGAGGTGC
EST: gi|211407968|gb|FL261722.1|FL261722
EST:     AGGAAAGAGAGTGATTGAATTGGGAGCTGGCTGCGGTCTAGCTGGGTTCG                         GAATGGCCTTGTTGGGTGGTGATGTTACAACAACTGACCAAGCCGAGGTGC
genomic: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTGGGAGCTGGCTGCGGTCTAGCTGGGTTCGgtaggttgaa ... tctcctttagGAATGGCCTTGTTGGGTGGTGATGTTACAACAACTGACCAAGCCGAGGTGC
EST: gi|211405412|gb|FL261716.1|FL261716
EST:     AGGAAAGAGAGTGATTGAATTGGGAGCTGGCTGCGGTCTAGCTGGGTTCG                         GAATGGCCTTGTTGGGTGGTGATGTTACAACAACTGACCAAGCCGAGGTGC
genomic: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTGGGAGCTGGCTGCGGTCTAGCTGGGTTCGgtaggttgaa ... tctcctttagGAATGGCCTTGTTGGGTGGTGATGTTACAACAACTGACCAAGCCGAGGTGC
EST: gi|211407964|gb|FL261718.1|FL261718
EST:     AGGAAAGAGAGTGATTGAATTGGGAGCTGGCTGCGGTCTAGCTGGGTTCG                         GAATGGCCTTGTTGGGTGGTGATGTTACAACAACTGACCAAGCCGAGGTGC
genomic: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTGGGAGCTGGCTGCGGTCTAGCTGGGTTCGgtaggttgaa ... tctcctttagGAATGGCCTTGTTGGGTGGTGATGTTACAACAACTGACCAAGCCGAGGTGC
EST: gi|211405411|gb|FL261715.1|FL261715
EST:     AGGAAAGAGAGTGATTGAATTGGGAGCTGGCTGCGGTCTAGCTGGGTTCG                         GAATGGCCTTGTTGGGTGGTGATGTTACAACAACTGACCAAGCCGAGGTGC
genomic: AGGAAAGAGAGTGATTGAATTGGGAGCTGGCTGCGGTCTAGCTGGGTTCGgtaggttgaa ... tctcctttagGAATGGCCTTGTTGGGTGGTGATGTTACAACAACTGACCAAGCCGAGGTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctggatcctagtcctatcggcgttcacttttaaaattgtttgcttctcctttagGAATGGCCTTGTTGGGTGGTGATGTTACAACAACTGACCAAGCCGAGGTGCTCCCACTGCTTATGAGAAATGTTGAACGGAACAGATCTTGGATCTCACA
                                    ttgtttgcttctcctt  CT-rich tract
                          acttttaaaattgttt  TA-rich tract