1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GTGTTCATGGGAGTGCATTGGGTGCTAAAGAAGTAGATGCAACAAGGAAGAACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaattgagaaggttgcttttgcttcatgtttcaaattaagtttgaatcctttagtgagcttcttgtgtttcacag
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv16s0022g01440.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|77581088|gb|DV219469.1|DV219469
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|351041306|gb|FQ447433.1|FQ447433
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCATGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|32250162|gb|CD715981.1|CD715981
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: GGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|110718593|gb|EE095602.1|EE095602
genomic: GGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|27581665|gb|CB004360.1|CB004360
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: GGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|77584013|gb|DV221048.1|DV221048
genomic: GGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|71866546|gb|DT015601.1|DT015601
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|351027912|gb|FQ425813.1|FQ425813
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCATGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|110698259|gb|EE075601.1|EE075601
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: ACCTT-GTTCCGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|351019574|gb|FQ439391.1|FQ439391
genomic: ACCTTGGTT-GGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCATGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|351028127|gb|FQ426028.1|FQ426028
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCATGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|351033600|gb|FQ447759.1|FQ447759
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCATGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|351025444|gb|FQ435136.1|FQ435136
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCATGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|110699426|gb|EE076412.1|EE076412
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|46917933|gb|CN547262.1|CN547262
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: GGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|351033112|gb|FQ446465.1|FQ446465
genomic: GGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCATGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|77588405|gb|DV223409.1|DV223409
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|71858646|gb|DT007701.1|DT007701
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|77585235|gb|DV221707.1|DV221707
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|349828296|gb|FQ416249.1|FQ416249
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCATGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|351031273|gb|FQ445298.1|FQ445298
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCATGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|32250360|gb|CD716179.1|CD716179
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: GGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|349827934|gb|FQ422802.1|FQ422802
genomic: GGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCATGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|110687936|gb|EE065912.1|EE065912
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCATGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|351017442|gb|FQ435795.1|FQ435795
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCATGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|351017776|gb|FQ436129.1|FQ436129
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCATGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|32250316|gb|CD716135.1|CD716135
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: GGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|351040605|gb|FQ438149.1|FQ438149
genomic: GGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCATGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|351027164|gb|FQ440031.1|FQ440031
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCATGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|30255737|gb|CB971869.1|CB971869
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAAEST: gi|33406481|gb|CF212108.1|CF212108
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
EST: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAA GCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
genomic: AACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaat ... tgtttcacagGCACTGGAGCCGCCACATCCCTGATGGAGCTGCCCTTGAAGCTGAATGGAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTGTTCATGGGAGTGCATTGGGTGCTAAAGAAGTAGATGCAACAAGGAAGAACCTTGGTTGGCCTCACGAGCCATTCCACGTGCCAGAGGATGTCAAAAAgtattgaaattgagaaggttgcttttgcttcatgtttcaaattaagtttgaatcctttagtgagcttcttgtgtttcacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG