Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatcctcattcttggtgttcttgttctgtttcctatctcaatgtatacaatcatttggccttacttgtttggttttttgatattgattattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGTTTGTTCCCTTGCTGGGCACTGGGGGCTTGGGAAGCTGATTGCATTTTAT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0022g01440.t01
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv16s0022g01440.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os04g19740.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtaaatcctcattcttggtgttcttgttctgtttcctatctcaatgtatacaatcatttggccttacttgtt-tggttttttgatattgattattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGTTTGTTCCCTTGCTGGGCACTGGGGGCTTGGGAAGCTGATTGCATTTTAT
                   ||   |  |   |||| |  |  |||| | |  |      |   | | || |  |    | ||| || |   |  |||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||  | |||||||| |  |  ||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||| || || 
-------------------gtaagttattcctttcttgacctaatgcacaatagggacagtggtaagttctaatacaatattggtacttgatggtcttagGTATGTTATACTTGGGGATGGCTGCCAAATGGAAGGTGTGTCAAATGAGGCATCCTCCCTTGCTGGTCACTGGGGTCTCGGGAAACTAATTGCCTTCTAC

upper sequence: Vv16s0022g01440.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G033208_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtaaatcctc----attcttggtgttcttgttctgtttcctatctcaatgtatacaatcatttg-gccttacttgtttggttttttgat--attgattattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGTTTGTTCCCTTGCTGGGCACTGGGGGCTTGGGAAGCTGATTGCATTTTAT
||||  | ||    |        || |    |||   |  |||  || | |      |  | || |    ||   ||||||    || |   | |||  |    ||||| || ||  | || ||||| || |||||||| || ||| | ||||||| ||| ||| | ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || || 
gtaatacttctaataacgccaacgtgcagcgtctcgcttttattacagtcttgcttttagtctgtgtggcacagttttggtaacatgtttcgtggatcctgtacagGTACGTTATTTTGGGAGATGGCTGCCAAATGGAGGGTATTGCTAATGAAGCTTGCTCCTTGGCTGGACACTGGGGTCTTGGCAAGCTGATTGCTTTCTAC

upper sequence: Vv16s0022g01440.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G010494_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtaaatc-ctcattcttggtgttcttgttctgtttcctatctcaatgtatacaatcatttggccttacttgtttggttttttga--tattgattattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGTTTGTTCCCTTGCTGGGCACTGGGGGCTTGGGAAGCTGATTGCATTTTAT
||||||  ||      | |  || |  ||    || || ||   ||| |  ||||  | ||   ||  |  | |||| ||   |     || |  | | ||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||  |||| |||||||     || |||||||| |||||||| ||||| ||  |||| || ||||||
gtaaattactagccacttgcattataattggaattactttcgtgatgca--caatt-tgtgatgttggtaatatggtgttgctactcggtgctcttacctagGTATGTTATACTTGGGGATGGTTGCCAAATGGAAGGTGTTTCGAATGAAGCGGCCTCTCTTGCTGGTCACTGGGGCCTTGGAAAATTGATAGCTTTTTAT

upper sequence: Vv16s0022g01440.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA03G03200.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
gtaaatcctcattcttggtgttcttgttctgtttcctatctcaatgtatacaa-tcatttggccttacttgtt--tggttttttgatattgattattct---tagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGTTTGTTCCCTTGCTGGGCACTGGGGGCTTGGGAAGCTGATTGCATTTTAT
                         ||     |  |||  |||   || |||| |     | | ||| |||||  || |||  | ||   | || || |    |||||||  || || |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||  || || |||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||
-------------------------gtaaaaataactaaatca---tacacaacttgcaagactttagttgttggtgttttgctaatggcgtttgttttatgcagGTATGCTATTCTGGGTGATGGTTGTCAAATGGAGGGAATTGCAAATGAAGCATGCTCACTTGCTGGCCACTGGGGACTGGGGAAGCTGATAGCATTTTAT

upper sequence: Vv16s0022g01440.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA20G38720.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
---------gtaaatcctcattcttggtgttcttgttctgtttcctatctcaatgtatacaatcatttg-gccttacttgtt----tggttttttgatattgattattctt--agGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGTTTGTTCCCTTGCTGGGCACTGGGGGCTTGGGAAGCTGATTGCATTTTAT
          |||||| |  ||  |  |  |  | |     ||   ||||   |   | ||||   | | |  ||||  ||     | |||||||  | |   ||| ||||  || ||||| ||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  || || ||||| || |||||||| || |||||||| ||||| || |||
gtaggataactaaatcttgttttgttttcattctctctacattgtgatctatgtacttgcaattcctggtgttttaccagtgagaattgtttttttctttgttttactcttgtagATATGTTATATTGGGTGATGGTTGTCAAATGGAGGGAATTTCAAATGAAGCATGCTCACTTGCCGGTCACTGGGGTCTAGGGAAGCTTATTGCTTTATAT

upper sequence: Vv16s0022g01440.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA10G43990.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
-----gtaaatcctcattcttggtgttcttgttctgtttcctatctcaatgta-----tacaatcatttg-gccttacttgtt----tggttttttgatattgattattctt--agGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGTTTGTTCCCTTGCTGGGCACTGGGGGCTTGGGAAGCTGATTGCATTTTAT
      ||| | |   || ||  ||||||  |||| | | | ||    || ||     | ||||   | | |  ||||   |     | |||||||  | |   ||| ||||  || ||||| ||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  || || ||||| || |||||||| || || ||||| ||||| || |||
gtaggataattgcatcttgttt-tgttctcattctctctac-attgtgatctacgtcttgcaattcctggtgttttacccatgagaattgtttttttctttgttttactcttgtagATATGTTATATTGGGTGATGGTTGTCAAATGGAGGGAATTTCAAATGAAGCATGCTCACTTGCCGGTCACTGGGGTCTAGGAAAGCTCATTGCTTTATAT

upper sequence: Vv16s0022g01440.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
lower sequence: AT2G45290.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
gtaaatcctcattcttggtgttcttgttctgtttcctatctcaatgtatacaatcatttggccttacttgtttggttttttgat-attgattattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGTTTGTTCCCTTGCTGGGCACTGGGGGCTTGGGAAGCTGATTGCATTTTAT
                 ||    || |      | | |   || | | ||   | || |  | |   ||||   ||| |    | | || ||    ||||||||  ||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||| ||||| || || || || 
-----------------gtaagattttgactccttcaacggcacttt-tattgttatctttcttggattgtgatgttgtaaactgactgctttggattagGTATTCGATTCTTGGAGATGGTTGTCAGATGGAAGGGATTTCAAATGAAGTTTGCTCTCTAGCTGGTCACTGGGGACTTGGAAAGCTAATCGCTTTCTAC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352769694|gb|FQ468622.1|FQ468622
EST:     TGGCTGGCA-GATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGGATGGATGTCAAATGGAAAGAATTT
genomic: TGGCTG-CAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTG-ATGGATGTCAAATGGAAGGAATTT
EST: gi|352769391|gb|FQ471540.1|FQ471540
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAAT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352764787|gb|FQ471847.1|FQ471847
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|29785592|gb|CB342748.2|CB342748
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGATCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|110718593|gb|EE095602.1|EE095602
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGATCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|71870025|gb|DT019080.1|DT019080
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGATCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|351019121|gb|FQ429281.1|FQ429281
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352772348|gb|FQ469873.1|FQ469873
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAACGAAATTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352769567|gb|FQ468495.1|FQ468495
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352768973|gb|FQ468164.1|FQ468164
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAAGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|351023653|gb|FQ448204.1|FQ448204
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|349825245|gb|FQ417966.1|FQ417966
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|18459008|gb|BM437286.1|BM437286
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352763497|gb|FQ473200.1|FQ473200
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|351033600|gb|FQ447759.1|FQ447759
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352781922|gb|FQ469219.1|FQ469219
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAAG
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAA-G
EST: gi|352763883|gb|FQ465333.1|FQ465333
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352777337|gb|FQ473971.1|FQ473971
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAAT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352777545|gb|FQ466598.1|FQ466598
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAGGGAATTTCAA-TGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|110699426|gb|EE076412.1|EE076412
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352781364|gb|FQ468208.1|FQ468208
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352781043|gb|FQ466356.1|FQ466356
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352769547|gb|FQ468475.1|FQ468475
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGTTGATGGATGTCAAA-GGAAAGGAATTTCAAA
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAA-GGAATTTCAAA
EST: gi|349828858|gb|FQ419191.1|FQ419191
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTACGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352769423|gb|FQ471572.1|FQ471572
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352769676|gb|FQ468604.1|FQ468604
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTTCAA-TGAAG
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTT-CAAATGAAG
EST: gi|352772796|gb|FQ473834.1|FQ473834
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352763443|gb|FQ473146.1|FQ473146
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAAGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352769211|gb|FQ471360.1|FQ471360
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|351017442|gb|FQ435795.1|FQ435795
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352782183|gb|FQ470085.1|FQ470085
EST:     TGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACCAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAG
genomic: TGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTAC-ACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAG
EST: gi|71857175|gb|DT006230.1|DT006230
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGGAGGAATTTCAAAT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAAT
EST: gi|352776590|gb|FQ474892.1|FQ474892
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAAATTTCAA-TGGAA
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAA-TTTCAAATG-AA
EST: gi|351028243|gb|FQ426144.1|FQ426144
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352772693|gb|FQ472736.1|FQ472736
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|30255737|gb|CB971869.1|CB971869
EST:     ATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: ATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|351015755|gb|FQ431710.1|FQ431710
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352780952|gb|FQ466265.1|FQ466265
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGGAAGGAATTTCAAATGAAG
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGG-AAGGAATTTCAAATGAAG
EST: gi|33406481|gb|CF212108.1|CF212108
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352772382|gb|FQ469907.1|FQ469907
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352772998|gb|FQ470613.1|FQ470613
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
EST: gi|352764396|gb|FQ472753.1|FQ472753
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGA
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGA
EST: gi|352768869|gb|FQ468060.1|FQ468060
EST:     TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACAC                         GTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT
genomic: TTGGCTGCAAGATTCAACAAACCTGACAATGAGATTGTCGACCACTACACgtaaatcctc ... ttattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtatacaatcatttggccttacttgtttggttttttgatattgattattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGTTTGTTCCCTTGCTGGGCACTGGGGGCTTGGGAAGCTGATTGCATTTTAT
                                       tattgat  putative branch site (score: 3)
                                             ttattctt  CT-rich tract
                               ttttttgatattgatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaatcctcattcttggtgttcttgttctgtttcctatctcaatgtatacaatcatttggccttacttgtttggttttttgatattgattattcttagGTATGTGATACTTGGTGATGGATGTCAAATGGAAGGAATTTCAAATGAAGTTTGTTCCCTTGCTGGGCACTGGGGGCTTGGGAAGCTGATTGCATTTTAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT