Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCCCTACTGGTTCAATCGTGATCGATTCGTTCTCTCCGCTGGCCACGGCTGTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttttatttccagtgcattttttttaaatgtatatttttaatctttttattttttatttttggtatatgggctttgccagagtttagcaaaaca...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0022g01440.t01
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv16s0022g01440.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G033208_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
CCCCTACTGGTTCAATCGTGATCGATTCGTTCTCTCCGCTGGCCACGGCTGTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttttatttccagtgcattttttttaaatgtatatttttaatctttttattttttatttttggtatatgggctttgccagagtttagcaaaaca
||||||||||||||| || || || ||||| |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| ||  | || || || || || || ||||| |||||||| |      ||  |        | |||      ||  | |||||  | |   | |  | | |    |||   | || |    | | |           |
CCCCTACTGGTTCAACCGCGACCGCTTCGTCCTCTCCGCCGGCCACGGCTGCATGCTCCAGTACGCCCTCCTCCACCTCGCCGGATACGACAGCGTTAAGgtaaggcggctagctgattcatctgtttgcatcttggtttttttttgtgtgcgtgtgatgtgtcccgggttggttggttggatcggcgaaatcgggggta

upper sequence: Vv16s0022g01440.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA10G43990.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
CCCCTACTGGTTCAATCGTGATCGATTCGTTCTCTCCGCTGGCCACGGCTGTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttttatttccagtgcattttttttaaatgtatatttttaatctttttattt-tttatttttggtatatgggctttgccagagtttagcaaaaca-------
||||   |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| || ||||| ||| | || |||||| | ||||| |||||||||||||||| |||| |||| | ||||| | |||       ||||||| |  | | || ||| | | ||   | |   |      ||  ||       | |  ||| ||||    ||         
CCCCGCTTGGTTCAACCGTGACCGTTTCGTTCTCTCTGCTGGACATGGCTGCATGCTCCAATATGCTCTCCTTCACCTTGCTGGCTATGACACTGTTCAGgtcagttttt-acttc-------tttttttcatttttctactttcactattgggagtgactcggaactgtgatcctcatgtcgttagaatttaatttaagtgcattgt

upper sequence: Vv16s0022g01440.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA20G38720.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
CCCCTACTGGTTCAATCGTGATCGATTCGTTCTCTCCGCTGGCCACGGCTGTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttttatttccagtgcattttttttaaatgtatatttttaa---tctttttattttttatttttggtatatgggctttgccagagtttagcaaaaca
 |||   |||||||| ||||| || ||| ||||||| ||||| || ||||| ||| | || |||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||  ||| |  ||||  ||  |  ||  | ||||||  |  | || | ||     || ||||  | | |   |  |   | ||  | |   |    |  |    |   
TCCCACTTGGTTCAACCGTGACCGTTTCATTCTCTCTGCTGGACATGGCTGCATGCTCCAATATGCTCTCCTTCACCTTGCAGGCTATGACAGTGTTCTGgtcagcttttacttctccttgtttcttttttgtacttttactattgggattcattttgatctgtgactcagaattctgatcctcatcccgttagaattta---

upper sequence: Vv16s0022g01440.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA03G03200.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
CCCCTACTGGTTCAATCGTGATCGATTCGTTCTCTCCGCTGGCCACGGCTGTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttttatttcca-gtgcattttttttaaa-tgtatatttttaatctttttattttttatttttggtatatgggctttgccagagtttagcaaaaca
||| | ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||| | ||||| ||  | || || || ||||| |  || || || |||||      || |  |||| |||   |   ||  |  |||  |  |||  |  ||||    |||    ||| |   |  |  ||  ||| |||| ||      
CCCTTTCTGGTTCAACCGCGATCGCTTCGTTCTCTCCGCTGGGCACGGGTGCATGCTTCAGTACGCGCTTCTGCACCTCGCTGGGTTCGATAGCGTCAAGgtagggacttgaaatccatgtggggtggcttggatctgttaaagttttgtgcttttggggttttgggttgatgggtacgtgtt-tcagtgtttggcttgga-

upper sequence: Vv16s0022g01440.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: AT2G45290.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 1
CCCCTACTGGTTCAATCGTGATCGATTCGTTCTCTCCGCTGGCCACGGCTGTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttttatttc-cagtgcattttttttaaatgtatatt-tttaatctttttattttttatttttggtatatgggctttgccagagtttagcaaaaca--------------------------------------------------------------------------------
 || |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| || || || |||||||| || ||| | ||||| ||||||||||| ||||| |||| |||   | || | || | | |   |||   |||  ||   | |  ||||   | || |  ||  ||  |   || |  |  | | ||        ||  |                                                                                   
TCCTTACTGGTTTAACCGTGATCGTTTCGTTCTCTCTGCTGGACATGGATGCATGTTGCAATACGCTCTGCTTCACCTTGCTGGCTACGACAGCGTTAGGgtttgtgttctcttactctgcttattaagtttgtatccttttagtttacattattgagattacatagtaaatacacagattgttccgtttccctgctcatttggtgatttttggagtcttgagatttagaattgtagaaccaacttaagatttgctgaagcagtgttgaagttttttattag

upper sequence: Vv16s0022g01440.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: AT3G60750.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 1
CCCCTACTGGTTCAATCGTGATCGATTCGTTCTCTCCGCTGGCCACGGCTGTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttttatttccagtgcattttttttaaatgtatatttttaatctttttattttttatttttggtatatgggctttgccagagtttagcaaaaca-------------------------------------------------------
||| || |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| || || ||||||||||  || || || ||||||||||| ||||| ||||| ||  ||||   |  | | ||  | ||  | ||  |||  || |    |  ||||   |  || |  ||  ||| ||  || |  |    | |  ||| |  |  ||                                                       
CCCTTATTGGTTCAACCGTGACCGATTCGTTCTATCTGCTGGACATGGATGTATGTTGCTCTACGCGTTGCTTCATCTTGCCGGCTACGACAGCGTCCAGgtctgtgatctcttctctgtttaattgctttcgatctga--tcgtaattgatgaatgtagtaactttagtggatagattgaatctg--ttttgatattcatctgatggctgcttgaagtagattcactgaaaaggtgtttggatttgtttattag

upper sequence: Vv16s0022g01440.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: AT3G60750.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 1
CCCCTACTGGTTCAATCGTGATCGATTCGTTCTCTCCGCTGGCCACGGCTGTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttttatttccagtgcattttttttaaatgtatatttttaatctttttattttttatttttggtatatgggctttgccagagtttagcaaaaca----------------------------------------------------------
||| || |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| || || ||||||||||  || || || ||||||||||| ||||| ||||| ||  ||||   |  | | ||  | ||  | ||  |||  || |    |  ||||   |  || |  ||  ||| ||  || |  |    | |  ||| |  |  ||                                                          
CCCTTATTGGTTCAACCGTGACCGATTCGTTCTATCTGCTGGACATGGATGTATGTTGCTCTACGCGTTGCTTCATCTTGCCGGCTACGACAGCGTCCAGgtctgtgatctcttctctgtttaattgctttcgatctga--tcgtaattgatgaatgtagtaactttagtggatagattgaatctg--ttttgatattcatctgatggctgcttgaagtagattcactgaaaaggtgtttggatttgtttattaggag

upper sequence: Vv16s0022g01440.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: EFJ07676 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
CCCCTACTGGTTCAATCGTGATCGATTCGTTCTCTCCGCTGGCCACGGCTGTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttttatttccagtgcattttttttaaatgtatatttttaatctttttattttttatttttggtatatgggctttgccagagtttagcaaaaca
||| |||||||||||  | ||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||| | || || ||  | || |||||||||||||| |||||||| |||||    | |  |||        || |  |||  |  | |  | | ||  || ||  |||  |  |    |   ||    || ||||              
CCCTTACTGGTTCAACAGGGATCGCTTCGTTCTCTCGGCTGGTCACGGATGCATGCTCCAATACGCCCTTCTCCATCTTGCTGGCTACGACAGTGTCAAGgtaggctctccattg-------atctagtttcgagcttttctatcaaagttcttcctttcaacatggatttcttgcttgtttccag--------------

upper sequence: Vv16s0022g01440.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 1
lower sequence: EFJ07729 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 1
CCCCTACTGGTTCAATCGTGATCGATTCGTTCTCTCCGCTGGCCACGGCTGTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttttatttccagtgcattttttttaaatgtatatttttaatctttttattttttatttttggtatatgggctttgccagagtttagcaaaaca
||| |||||||||||  | ||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||| | || || ||  | || |||||||||||||| |||||||| |||||    | |  |||        || |  |||  |  | |  | | ||  || ||  |||  |  |    |   ||    || ||||              
CCCTTACTGGTTCAACAGGGATCGCTTCGTTCTCTCGGCTGGTCACGGATGCATGCTCCAATACGCCCTTCTCCATCTTGCTGGCTACGACAGTGTCAAGgtaggctctccattg-------atctagtttcgagcttttctatcaaagttcttcctttcaacatggatttcttgtttgtttccag--------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352767851|gb|FQ466060.1|FQ466060
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGCGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352769694|gb|FQ468622.1|FQ468622
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352769391|gb|FQ471540.1|FQ471540
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352764787|gb|FQ471847.1|FQ471847
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352773566|gb|FQ472348.1|FQ472348
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352767978|gb|FQ466187.1|FQ466187
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|29785592|gb|CB342748.2|CB342748
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352780971|gb|FQ466284.1|FQ466284
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352764900|gb|FQ473548.1|FQ473548
EST:     GTATGTTGCACTATGCTTTACTTCATCTTGCTGACTATGACCGTGTTAAG                         GAAGAGGAATTGAAGTCTTTC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTC
EST: gi|351019121|gb|FQ429281.1|FQ429281
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352772466|gb|FQ469991.1|FQ469991
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352772348|gb|FQ469873.1|FQ469873
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352769567|gb|FQ468495.1|FQ468495
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352768973|gb|FQ468164.1|FQ468164
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|351023653|gb|FQ448204.1|FQ448204
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|349825245|gb|FQ417966.1|FQ417966
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|18459008|gb|BM437286.1|BM437286
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352763497|gb|FQ473200.1|FQ473200
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352781922|gb|FQ469219.1|FQ469219
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352763883|gb|FQ465333.1|FQ465333
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352777337|gb|FQ473971.1|FQ473971
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352777545|gb|FQ466598.1|FQ466598
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352777697|gb|FQ466750.1|FQ466750
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352781364|gb|FQ468208.1|FQ468208
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352781043|gb|FQ466356.1|FQ466356
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352778427|gb|FQ465737.1|FQ465737
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTAGCTGGCTATGACAGTGTGAAG                         GAAGAGGATTTGAAATCTTTCCAACAAAGGGAAAGTAGA
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGA
EST: gi|352769547|gb|FQ468475.1|FQ468475
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|349828858|gb|FQ419191.1|FQ419191
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352769423|gb|FQ471572.1|FQ471572
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352769676|gb|FQ468604.1|FQ468604
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352772796|gb|FQ473834.1|FQ473834
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352763443|gb|FQ473146.1|FQ473146
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352781604|gb|FQ468902.1|FQ468902
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352772518|gb|FQ471993.1|FQ471993
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352769211|gb|FQ471360.1|FQ471360
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352782183|gb|FQ470085.1|FQ470085
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352776579|gb|FQ474881.1|FQ474881
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCACCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCAGACAATG
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATG
EST: gi|71857175|gb|DT006230.1|DT006230
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352776590|gb|FQ474892.1|FQ474892
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|351028243|gb|FQ426144.1|FQ426144
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352782342|gb|FQ470245.1|FQ470245
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352772693|gb|FQ472736.1|FQ472736
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|351015755|gb|FQ431710.1|FQ431710
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352780952|gb|FQ466265.1|FQ466265
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352772382|gb|FQ469907.1|FQ469907
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352772998|gb|FQ470613.1|FQ470613
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352764396|gb|FQ472753.1|FQ472753
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352772559|gb|FQ472034.1|FQ472034
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACCATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352782181|gb|FQ470083.1|FQ470083
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
EST: gi|352768869|gb|FQ468060.1|FQ468060
EST:     GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAG                         GAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC
genomic: GTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttt ... gattgctcagGAAGAGGATTTGAAGTCTTTCCGACAATGGGGAAGTAGAACTCCTGGTCAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCCCTACTGGTTCAATCGTGATCGATTCGTTCTCTCCGCTGGCCACGGCTGTATGTTGCAGTATGCTTTACTTCATCTTGCTGGCTATGACAGTGTTAAGgtgaattttttatttccagtgcattttttttaaatgtatatttttaatctttttattttttatttttggtatatgggctttgccagagtttagcaaaaca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agcaaaa