1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...catatatagggtcatggttttgtttgtatccttcctttgttgtattgttatccttgaattttgaaattttgactcaggttttggatggtcaaccaaacagGGGATGATGGTTGAATTTGCTAAGAATTTGGCTTATTTTGCTGCTGACAGTGGGAAGAAGCATGTTATTGTGCTCTCTAGCCTAGATTTTGGGCAGTGGC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv03s0063g01800.t01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATCTCTTAATAAATTGACACTTGTCCAACAAAGATCTCCAGTTCTTAAG GGGATGATGGTTGAATTTGCTAAGAATTTGGCTGATTTTGCTGCTGACAGTEST: gi|37184652|gb|CF604006.1|CF604006
genomic: CTTCTCTTAATAAATTGACACTTGTCCAACAAAGATCTCCAGTTCTTAAGgtatcacttc ... aaccaaacagGGGATGATGGTTGAATTTGCTAAGAATTTGGCTTATTTTGCTGCTGACAGT
EST: CATCTCTTAATAAATTGACACTTGTCCAACAAAGATCTCCAGTTCTTAAG GGGATGATGGTTGAATTTGCTAAGAATTTGGCTGATTTTGCTGCTGACAGTEST: gi|33406630|gb|CF212257.1|CF212257
genomic: CTTCTCTTAATAAATTGACACTTGTCCAACAAAGATCTCCAGTTCTTAAGgtatcacttc ... aaccaaacagGGGATGATGGTTGAATTTGCTAAGAATTTGGCTTATTTTGCTGCTGACAGT
EST: CATCTCTTAATAAATTGACACTTGTCCAACAAAGATCTCCAGTTCTTAAG GGGATGATGGTTGAATTTGCTAAGAATTTGGCTGATTTTGCTGCTGACAGTEST: gi|110687249|gb|EE064493.1|EE064493
genomic: CTTCTCTTAATAAATTGACACTTGTCCAACAAAGATCTCCAGTTCTTAAGgtatcacttc ... aaccaaacagGGGATGATGGTTGAATTTGCTAAGAATTTGGCTTATTTTGCTGCTGACAGT
EST: CATCTCTTAATAAATTGACACTTGTCCAACAAAGATCTCCAGTTCTTAAG GGGATGATGGTTGAATTTGCTAAGAATTTGGCTGATTTTGCTGCTGACAGTEST: gi|351031129|gb|FQ444956.1|FQ444956
genomic: CTTCTCTTAATAAATTGACACTTGTCCAACAAAGATCTCCAGTTCTTAAGgtatcacttc ... aaccaaacagGGGATGATGGTTGAATTTGCTAAGAATTTGGCTTATTTTGCTGCTGACAGT
EST: CATCTCTTAATAAATTGACACTTGTCCAACAAAGATCTCCAGTTCTTAAG GGGATGATGGTTGAATTTGCTAAGAATTTGGCTGATTTTGCTGCTGACAGTEST: gi|294965504|gb|GW839075.1|GW839075
genomic: CTTCTCTTAATAAATTGACACTTGTCCAACAAAGATCTCCAGTTCTTAAGgtatcacttc ... aaccaaacagGGGATGATGGTTGAATTTGCTAAGAATTTGGCTTATTTTGCTGCTGACAGT
EST: CTTCTCTTAATAAATTGACACTTGTCCAACAAAGATCTCCAGTACTTAAG GGGATGATGGTTGAATTTEST: gi|110364456|gb|EC924217.1|EC924217
genomic: CTTCTCTTAATAAATTGACACTTGTCCAACAAAGATCTCCAGTTCTTAAGgtatcacttc ... aaccaaacagGGGATGATGGTTGAATTT
EST: CCAACAAAGATCTCCAGTTCTTAAG GGGATGATGGTTGAATTTGCTAAGAATTTGGCTGATTTTGCTGCTGACAGT
genomic: CCAACAAAGATCTCCAGTTCTTAAGgtatcacttc ... aaccaaacagGGGATGATGGTTGAATTTGCTAAGAATTTGGCTTATTTTGCTGCTGACAGT
tgttatccttgaattttgaaattttgactcaggttttggatggtcaaccaaacagGGGATGATGGTTGAATTTGCTAAGAATTTGGCTTATTTTGCTGCTGACAGTGGGAAGAAGCATGTTATTGTGCTCTCTAGCCTAGATTTTGGGCAGTGGC
ttttgac putative branch site (score: 3)
ttgaattttgaaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| catatatagggtcatggttttgtttgtatccttcctttgttgtattgttatccttgaattttgaaattttgactcaggttttggatggtcaaccaaacagGGGATGATGGTTGAATTTGCTAAGAATTTGGCTTATTTTGCTGCTGACAGTGGGAAGAAGCATGTTATTGTGCTCTCTAGCCTAGATTTTGGGCAGTGGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - -ggtcatg
- - - - - - - - - - - - - - -ccttcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggatgg