Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAACGAAGGTGTACTGCTTTGTGCACAAGGCACCAGTATGTGCGGATTGTATATGCTTCCCCGAACATCGGCTTTGCGTGgtgcgcatgaattcgtgctgttgtggcagtggatattatttacaatcttatatttaggctatcgagtacctaatttcgttagactgtgtcaggaaaactt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S98_141V6.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100419891|gb|BY975898.1|BY975898
EST:     CACCAGTATGTGCGGATTGTATATGCTTCCCCGAACATCGGCTTTGCGTG                         GTCAAGACTTACTCAGACTGGGTTATTGATGGCGACTATGATTGGCCTCCT
genomic: CACCAGTATGTGCGGATTGTATATGCTTCCCCGAACATCGGCTTTGCGTGgtgcgcatga ... aaccttgcagGTCAAGACTTACTCAGACTGGGTTATTGATGGCGACTATGATTGGCCTCCT
EST: gi|162266973|gb|FC443048.1|FC443048
EST:     CACCAGTATGTGCGGATTGTATATGCTTCCCCGAACATCGGCTTTGCGTG                         GTCAAGACTTACTCAGACTGGGTTATTGATGGCGACTATGATTGGCCTCCT
genomic: CACCAGTATGTGCGGATTGTATATGCTTCCCCGAACATCGGCTTTGCGTGgtgcgcatga ... aaccttgcagGTCAAGACTTACTCAGACTGGGTTATTGATGGCGACTATGATTGGCCTCCT
EST: gi|18352060|gb|BJ184113.1|BJ184113
EST:     CACCAGTATGTGCGGATTGTATATGCTTCCCCGAACATCGGCTTTGCGTG                         GTCAAGACTTACTCAGACTGGGTTATTGATGGCGACTATGATTGGCCTCCT
genomic: CACCAGTATGTGCGGATTGTATATGCTTCCCCGAACATCGGCTTTGCGTGgtgcgcatga ... aaccttgcagGTCAAGACTTACTCAGACTGGGTTATTGATGGCGACTATGATTGGCCTCCT
EST: gi|100378826|gb|BY968708.1|BY968708
EST:     CACCAGTATGTGCGGATTGTATATGCTTCCCCGAACATCGGCTTTGCGTG                         GTCAAGACTTACTCAGACTGGGTTATTGATGGCGACTATGATTGGCCTCCT
genomic: CACCAGTATGTGCGGATTGTATATGCTTCCCCGAACATCGGCTTTGCGTGgtgcgcatga ... aaccttgcagGTCAAGACTTACTCAGACTGGGTTATTGATGGCGACTATGATTGGCCTCCT
EST: gi|100378189|gb|BY949725.1|BY949725
EST:     CACCAGTATGTGCGGATTGTATATGCTTCCCCGAACATCGGCTTTGCGTG                         GTCAAGACTTACTCAGACTGGGTTATTGATGGCGACTATGATTGGCCTCCT
genomic: CACCAGTATGTGCGGATTGTATATGCTTCCCCGAACATCGGCTTTGCGTGgtgcgcatga ... aaccttgcagGTCAAGACTTACTCAGACTGGGTTATTGATGGCGACTATGATTGGCCTCCT
EST: gi|67570645|gb|BJ943469.1|BJ943469
EST:     CACCAGTATGTGCGGATTGTATATGCTTCCCCGAACATCGGCTTTGCGTG                         GTCAAGACTTACTCAGACTGGGTTATTGATGGCGACTATGATTGGCCTCCT
genomic: CACCAGTATGTGCGGATTGTATATGCTTCCCCGAACATCGGCTTTGCGTGgtgcgcatga ... aaccttgcagGTCAAGACTTACTCAGACTGGGTTATTGATGGCGACTATGATTGGCCTCCT