Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtgcaagccaggattggaattgagttgcatcttgttggcgtttcttctgtgagcacctgtgatttagctgatgtgctcaattatttcgttgttttgacagGAAATGCAGAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTTTAATTTATGGTTCAGAATGATAGTAGTCTGACCAGCTAGAAAGGAGTTC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S92_53V6.2
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19784441|gb|BQ040174.1|BQ040174
EST:     ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAG                         GAAATGCAGAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTT
genomic: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAGgtaatttact ... gttttgacagGAAATGCAGAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTT
EST: gi|162257238|gb|FC433114.1|FC433114
EST:     ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAG                         -AAA---A-A----GCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTT
genomic: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAGgtaatttact ... gttttgacagGAAATGCAGAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTT
EST: gi|7286927|gb|AW599414.1|AW599414
EST:     ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAG                         GAAATGCAGAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTT
genomic: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAGgtaatttact ... gttttgacagGAAATGCAGAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTT
EST: gi|37829259|gb|BJ587271.1|BJ587271
EST:     ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAG                         GAAATGCAGAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTT
genomic: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAGgtaatttact ... gttttgacagGAAATGCAGAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTT
EST: gi|37834108|gb|BJ592120.1|BJ592120
EST:     ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAG                         GAAATGCAGAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTT
genomic: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAGgtaatttact ... gttttgacagGAAATGCAGAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTT
EST: gi|162157909|gb|FC334895.1|FC334895
EST:     ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAG                         GAAATGCAGAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTT
genomic: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAGgtaatttact ... gttttgacagGAAATGCAGAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTT
EST: gi|162209834|gb|FC385976.1|FC385976
EST:     GCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAG                         GAAATGCAGAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTT
genomic: GCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAGgtaatttact ... gttttgacagGAAATGCAGAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTT
EST: gi|162160589|gb|FC336358.1|FC336358
EST:     ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAG                         GAAATGCAGAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTT
genomic: ATGTAGCTGAATTGGTAACTCCCACATTATGCTTAGAGTCTAAGCTGCAGgtaatttact ... gttttgacagGAAATGCAGAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctgtgagcacctgtgatttagctgatgtgctcaattatttcgttgttttgacagGAAATGCAGAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTTTAATTTATGGTTCAGAATGATAGTAGTCTGACCAGCTAGAAAGGAGTTC
                    agctgat  putative branch site (score: 4)
                                           ttgtttt  putative PPT
                               tcaattattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgcaagccaggattggaattgagttgcatcttgttggcgtttcttctgtgagcacctgtgatttagctgatgtgctcaattatttcgttgttttgacagGAAATGCAGAAAAAGCTGGATAGACAACTCTCCGGTGTACATGATGAGCTTTAATTTATGGTTCAGAATGATAGTAGTCTGACCAGCTAGAAAGGAGTTC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG