Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgtgaccacattcatcattgggttctgaatgagagtttcattgtgcttcagggaccgtccaaatatttgtttattttttgaagaagttttaatgtttgacaaagtaaggaagattcataatcagtgttttgttgcagCAATTGGGATGGTTTCAAGGATAATTATACTGTCATGATGTTTTCAAGTGGCGACCGTTGTTGGAATGGGCCAGATCGAAGCTTACGT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S92_53V6.2
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19784441|gb|BQ040174.1|BQ040174
EST:     CCCTTCAAGCAAGCCATCCAGCAGGAGGGCCATATGTCAACACGTCTTGG                         CAATTGGGATGGTTTCAAGGATAATTATACTGTCATGATGTTTTCAAGTGG
genomic: CCCTTCAAGCAAGCCATCCAGCAGGAGGGCCATATGTCAACACGTCTTGGgtgtgtgacc ... tttgttgcagCAATTGGGATGGTTTCAAGGATAATTATACTGTCATGATGTTTTCAAGTGG
EST: gi|162157910|gb|FC334896.1|FC334896
EST:     CCCTTCAAGCAAGCCATCCAGCAGGAGGGCCATATGTCAACACGTCTTGG                         CAATTGGGATGGTTTCAAGGATAATTATACTGTCATGATGTTTTCAAGTGG
genomic: CCCTTCAAGCAAGCCATCCAGCAGGAGGGCCATATGTCAACACGTCTTGGgtgtgtgacc ... tttgttgcagCAATTGGGATGGTTTCAAGGATAATTATACTGTCATGATGTTTTCAAGTGG
EST: gi|162257238|gb|FC433114.1|FC433114
EST:     CCCTTCAAGCAAGCCATCCAGCAGGAGGGCCATATGTCAACACGTCTTGG                         CAATTGGGATGGTTTCAAGGATAATTATACTGTCATGATGTTTTCAAGTGG
genomic: CCCTTCAAGCAAGCCATCCAGCAGGAGGGCCATATGTCAACACGTCTTGGgtgtgtgacc ... tttgttgcagCAATTGGGATGGTTTCAAGGATAATTATACTGTCATGATGTTTTCAAGTGG
EST: gi|37829259|gb|BJ587271.1|BJ587271
EST:     CCCTTCAAGCAAGCCATCCAGCAGGAGGGCCATATGTCAACACGTCTTGG                         CAATTGGGATGGTTTCAAGGATAATTATACTGTCATGATGTTTTCAAGTGG
genomic: CCCTTCAAGCAAGCCATCCAGCAGGAGGGCCATATGTCAACACGTCTTGGgtgtgtgacc ... tttgttgcagCAATTGGGATGGTTTCAAGGATAATTATACTGTCATGATGTTTTCAAGTGG
EST: gi|37834108|gb|BJ592120.1|BJ592120
EST:     TTCAAGCAAGCCATCCAGCAGGAGGNCCATATGTCAACACGTCTTGG                         CAATTGGGATGGTTTCAAGGATAATTATACTGTCATGATGTTTTCAAGTGG
genomic: TTCAAGCAAGCCATCCAGCAGGAGGGCCATATGTCAACACGTCTTGGgtgtgtgacc ... tttgttgcagCAATTGGGATGGTTTCAAGGATAATTATACTGTCATGATGTTTTCAAGTGG
EST: gi|162157909|gb|FC334895.1|FC334895
EST:     CCCTTCAAGCAAGCCATCCAGCAGGAGGGCCATATGTCAACACGTCTTGG                         CAATTGGGATGGTTTCAAGGATAATTATACTGTCATGATGTTTTCAAGTGG
genomic: CCCTTCAAGCAAGCCATCCAGCAGGAGGGCCATATGTCAACACGTCTTGGgtgtgtgacc ... tttgttgcagCAATTGGGATGGTTTCAAGGATAATTATACTGTCATGATGTTTTCAAGTGG
EST: gi|162196285|gb|FC375394.1|FC375394
EST:     CCCTTCAAGCAAGCCATCCAGCAGGAGGGCCATATGTCAACACGTCTTGG                         CAATTGGGATGGTTTCAAG
genomic: CCCTTCAAGCAAGCCATCCAGCAGGAGGGCCATATGTCAACACGTCTTGGgtgtgtgacc ... tttgttgcagCAATTGGGATGGTTTCAAG
EST: gi|162160589|gb|FC336358.1|FC336358
EST:     CCCTTCAAGCAAGCCATCCAGCAGGAGGGCCATATGTCAACACGTCTTGG                         CAATTGGGATGGTTTCAAGGATAATTATACTGTCATGATGTTTTCAAGTGG
genomic: CCCTTCAAGCAAGCCATCCAGCAGGAGGGCCATATGTCAACACGTCTTGGgtgtgtgacc ... tttgttgcagCAATTGGGATGGTTTCAAGGATAATTATACTGTCATGATGTTTTCAAGTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaagttttaatgtttgacaaagtaaggaagattcataatcagtgttttgttgcagCAATTGGGATGGTTTCAAGGATAATTATACTGTCATGATGTTTTCAAGTGGCGACCGTTGTTGGAATGGGCCAGATCGAAGCTTACGT
                                            ttttgtt  CT-rich tract
     tttaatgttt  TA-rich tract