1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' |
gttagtttttcaaatgggttatcttatggtgctagttgctttcgcattaactgaagaaagatcaattctgatggacattacgtgttgcatccaaacttctggcttgatatgtttcactggtggaggtattaacatctacattacgactttttggttggtttacagGTGCCAGCAACTGCAGCCTTCACAGGTAGTGCCCTGTTTGGTCTTCAGGCATTTATTGGAATCATGAAGGTGAAGAAGCTGGATAAGCAAGAAAAGCTCA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S83_45V6.1 |
intron # | 19 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACAAATCGCCACTATGTTGCACCTAAGCGCAATCACG GTGCCAGCAACTGCAGCCTTCACAGGTAGTGCCCTGTTTGGTCTTCAGGCAEST: gi|162181729|gb|FC358759.1|FC358759
genomic: ACAAATCGCCACTATGTTGCACCTAAGCGCAATCACGgttagttttt ... tggtttacagGTGCCAGCAACTGCAGCCTTCACAGGTAGTGCCCTGTTTGGTCTTCAGGCA
EST: CAGCTACTTGTCTACAAATCGCCACTATGTTGCACCTAAGCGCAATCACG GTGCCAGCAACTGCAGCCTTCACAGGTAGTGCCCTGTTTGGTCTTCAGGCAEST: gi|162203519|gb|FC380435.1|FC380435
genomic: CAGCTACTTGTCTACAAATCGCCACTATGTTGCACCTAAGCGCAATCACGgttagttttt ... tggtttacagGTGCCAGCAACTGCAGCCTTCACAGGTAGTGCCCTGTTTGGTCTTCAGGCA
EST: CAGCTACTTGTCTACAAATCGCCACTATGTTGCACCTAAGCGCAATCACG GTGCCAGCAACTGCAGCCTTCACAGGTAGTGCCCTGTTTGGTCTTCAGGCAEST: gi|162154519|gb|FC330521.1|FC330521
genomic: CAGCTACTTGTCTACAAATCGCCACTATGTTGCACCTAAGCGCAATCACGgttagttttt ... tggtttacagGTGCCAGCAACTGCAGCCTTCACAGGTAGTGCCCTGTTTGGTCTTCAGGCA
EST: CAGCTACTTGTCTACAAATCGCCACTATGTTGCACCTAAGCGCAATCACG GTGCCAGCAACTGCAGCCTTCACAGGTAGTGCCCTGTTTGGTCTTCAGGCAEST: gi|162150063|gb|FC326594.1|FC326594
genomic: CAGCTACTTGTCTACAAATCGCCACTATGTTGCACCTAAGCGCAATCACGgttagttttt ... tggtttacagGTGCCAGCAACTGCAGCCTTCACAGGTAGTGCCCTGTTTGGTCTTCAGGCA
EST: CAGCTACTTGTCTACAAATCGCCACTATGTTGCACCTAAGCGCAATCACG GTGCCAGCAACTGCAGCCTTCACAGGTAGTGCCCTGTTTGGTCTTCAGGCAEST: gi|162203518|gb|FC380434.1|FC380434
genomic: CAGCTACTTGTCTACAAATCGCCACTATGTTGCACCTAAGCGCAATCACGgttagttttt ... tggtttacagGTGCCAGCAACTGCAGCCTTCACAGGTAGTGCCCTGTTTGGTCTTCAGGCA
EST: CAGCTACTTGTCTACAAATCGCCACTATGTTGCACCTAAGCGCAATCACG GTGCCAGCAACTGCAGCCTTCACAGGTAGTGCCCTGTTTGGTCTTCAGGCAEST: gi|162252540|gb|FC427856.1|FC427856
genomic: CAGCTACTTGTCTACAAATCGCCACTATGTTGCACCTAAGCGCAATCACGgttagttttt ... tggtttacagGTGCCAGCAACTGCAGCCTTCACAGGTAGTGCCCTGTTTGGTCTTCAGGCA
EST: CAGCTACTTGTCTACAAATCGCCACTATGTTGCACCTAAGCGCAATCACG GTGCCAGCAACTGCAGCCTTCACAGGTAGTGCCCTGTTTGGTCTTCAGGCA
genomic: CAGCTACTTGTCTACAAATCGCCACTATGTTGCACCTAAGCGCAATCACGgttagttttt ... tggtttacagGTGCCAGCAACTGCAGCCTTCACAGGTAGTGCCCTGTTTGGTCTTCAGGCA
gtttcactggtggaggtattaacatctacattacgactttttggttggtttacagGTGCCAGCAACTGCAGCCTTCACAGGTAGTGCCCTGTTTGGTCTTCAGGCATTTATTGGAATCATGAAGGTGAAGAAGCTGGATAAGCAAGAAAAGCTCA
tattaac putative branch site (score: 36)
tattaacat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttagtttttcaaatgggttatcttatggtgctagttgctttcgcattaactgaagaaagatcaattctgatggacattacgtgttgcatccaaacttctggcttgatatgtttcactggtggaggtattaacatctacattacgactttttggttggtttacagGTGCCAGCAACTGCAGCCTTCACAGGTAGTGCCCTGTTTGGTCTTCAGGCATTTATTGGAATCATGAAGGTGAAGAAGCTGGATAAGCAAGAAAAGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA